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La soja es un commodity internacional de gran relevancia para Argentina. En la lucha contra las plagas, el insecticida organoclorado más utilizados en la Argentina es endosulfán (mezcla de los isómeros alfa y beta) y el herbicida glifosato. Argentina, necesita diseñar estrategias que protejan la calidad de sus productos agropecuarios y materias primas alimentarias, en relación con la presencia de residuos de plaguicidas. En este trabajo se evalúa las concentraciones de endosulfán, glifosato, sulfato de endosulfán y ácido aminometil fosfónico en subproductos de soja logrados en laboratorio, subproductos obtenidos en industrias y alimentos a base de soja o que contienen soja. Los análisis de residuos se efectuaron por cromatografía gaseosa y liquida HPLC y los resultados analizado mediante análisis de la varianza. El valor medio para aceite fue de 0,041 mg/kg; mientras que en los productos a base de proteínas de soja, el valor máximo hallado en un alimento fue de 2,54 mg/kg aun cuando el 72% de las determinaciones efectuadas sobre alimentos, para cuatro parámetros fue valores menores a los límites de detección Los resultados logrados permiten concluir que se reduce el contenido en aceite en el proceso de refinado, y que los alimentos a base de subproductos proteicos muestran bajo hallazgo de concentraciones detectable de endosulfán glifosato y su metabolitos estudiados.