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La electroforesis capilar por zona (CZE) es una técnica analítica separativa que permite medir con precisión la movilidad electroforética de macromoléculas eléctricamente cargadas y de especies iónicas pequeñas [1]. Asimismo el uso de modelos adecuados [2-4] hace posible la caracterización fisicoquímica de estos analitos, estimando sus propiedades fisicoquímicas básicas, tales como: radio hidrodinámico, forma, hidratación y carga eléctrica efectiva, entre otras. Luego, a partir de ellas es factible evaluar propiedades de transporte tales como: coeficientes de fricción, difusión y sedimentación. En este trabajo se demuestra como se puede interpretar la movilidad electroforética de los polipéptidos, medida vía CZE. El método se basa principalmente en el uso de teorías fisicoquímicas consolidadas y que se describen con expresiones analíticas relativamente simples. Se incluye también la evaluación del fenómeno de regulación de cargas, el cual indica que el pH cercano a la molécula es diferente de aquel perteneciente a la solución electrolítica, originando variaciones en los valores de pK de los grupos ionizantes en la secuencia de aminoácidos. En adición, la estimación de la hidratación acoplada a la forma hidrodinámica del polipéptido, se realiza a través de una ecuación que tiene en cuenta el estado electrostático del analito. Se estudian y caracterizan aquí diferentes proteínas (lisozima, anhidrasa carbónica humana, anhidrasa carbónica bovina, nucleasa estafilocóccica) y péptidos (con pesos moleculares comprendidos en el rango de 132 a 5000 g/mol) en soluciones diluidas con pH, fuerza iónica, temperatura y permitividad eléctrica prefijados. Se reportan los valores de las propiedades fisicoquímicas y de transporte calculados.