Modelización mediante Dinámica Molecular de pequeñas proteínas en distintos solventes

S. N. MONACHESI; J.R. GRIGERA; M.C. DONNAMARIA

La Plata

Congreso; XI CONGRESO REGIONAL, Física Estadística y Aplicaciones a la Materia Condensada, TREFEMAC 2013; 2013

UNLP, IFLP,IFLYSIB, CCT La Plata, FCE-UNLP, Depto. de Física UNLP

El Exendin-4, EX4, (proteína de 39 aminoácidos, presente en la saliva del lagarto de Gila) muestra más del 50% de homología con el GLP-1,(hormona de mamíferos, de 30 aminoácidos), en mamíferos se liga al mismo receptor que el GLP-1 y a diferencia de éste, tiene mayor tiempo de vida en plasma. En el presente trabajo se estudian comparativamente propiedades de ambas proteínas utilizando Dinámica Molecular (DM), a partir del paquete GROMACS, (GROMACS, 4.5.3), en diferentes medios solventes. Estas dos pequeñas hormonas neuroendocrinas son interesantes debido a sus propiedades glucoregulatorias, relacionadas con el control de diabetes y obesidad. La DM ha probado ser una ponderosa herramienta para predecir propiedades de biomoléculas en solución. La modelización se llevó a cabo en escala de nanosegundos y en condiciones normales de T y P en soluciones acuosas y fisiológicas.  En solución acuosa se utilizó el modelo SPC/E de agua, mientras que para solución fisiológica se consideró una DM de contraiones (contraiones monovalentes son sustituidos en posiciones del agua). Mediante la técnica de desviación cuadrática media, RMSD, se analiza la movilidad de las proteínas respecto del tiempo considerado. De las  gráficas se deduce para el EX4, la estructura más estable,  Las conformaciones finales muestran que ambas proteínas forman hélices alfa, tanto en solución acuosa como fisiológica. Los ?radios de giro?, siendo una medida de compactación, muestran la estabilidad de las proteínas. Los resultados dan indicios interesantes para el estudio comparativo de metodologías para proteínas en distintos medios solventes.