Aplicación de técnicas moleculares al estudio de la diversidad de consorcios bacterianos degradadores de PAH

MADUEÑO, LAURA; COPPOTELLI, BIBIANA M.; MORELLI, IRMA S.

Córdoba, Argentina.

Congreso; XI Congreso Argentino de Microbiología; 2007

Asociación Argentina de Microbiología

Si bien han sido estudiados numerosos microorganismos capaces de metabolizar hidrocarburos policíclicos aromáticos (PAH), la coordinación del metabolismo dentro de un consorcio produce un importante efecto positivo en la degradación de estos compuestos.  Sin embargo debido a las limitaciones de las técnicas de cultivo resulta difícil definir con exactitud un determinado consorcio en base a su composición y diversidad microbiana. Se presenta la aplicación de distintas técnicas moleculares al estudio de la diversidad bacteriana de un consorcio degradador de fenantreno, obtenido a partir de suelo no contaminado, mediante la técnica de cultivo batch con repiques sucesivos en medio mineral líquido con fenantreno. Se estudió también el efecto de la inoculación con la cepa  Sphingomonas paucimobilis 20006FA, degradadora de fenantreno, sobre la diversidad del consorcio. Para la determinación de la diversidad microbiana se utilizaron dos estrategias, una basada en la caracterización fenotípica (morfológica y bioquímica) y genotípica (RAPD-PCR) de las poblaciones cultivables en  R2A; y la otra basada en el análisis del DNA total del consorcio a través de PCR-DGGE utilizando primers dirigidos al 16S rDNA, los perfiles de los consorcios obtenidos fueron comparados con las bandas de los productos PCR de los cultivos aislados de cada consorcio. Los dendrogramas obtenidos a partir de las caracterizaciones fenotípicas y genotípicas de los cultivos aislados y el análisis de los perfiles PCR-DGGE del DNA total del consorcio mostraron que la inoculación y los repiques sucesivos redujeron la diversidad bacteriana de los mismos. Al comparar los perfiles de PCR-DGGE de los consorcios, con las bandas de los cultivos aislados observamos que algunos aislados no aparecieron en el perfil PCR-DGGE del consorcio correspondiente, al amplificar el DNA del consorcio las poblaciones dominantes enmascararían la hibridización del primer con el molde de las poblaciones de baja densidad, además se observó que bandas predominantes en los perfiles del DNA total de los consorcios no coincidieron con ninguno de los cultivos aislados, estos no habrían sido aislados por la técnica utilizada, corresponden a microorganismos no cultivables en las condiciones establecidas o a DNA libre presente en el consorcio. Cultivos aislados de los consorcios, inoculado y sin inocular, presentaron idéntica posición de banda en el perfil PCR-DGGE que la cepa S. paucimobilis 20006FA, sin embargo mostraron una baja similitud entre ellos y con la cepa inoculada en el dendrograma genotípico (RAPD-PCR). La aplicación de técnicas moleculares, junto a la caracterización de las poblaciones aisladas permitiría obtener una visión más amplia de la diversidad microbiana de los consorcios bacterianos.