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El objetivo de control del sistema de barros activados apunta a la optimización de los procesos de biooxidación y biofloculación. En la práctica esto representa controlar los niveles de oxígeno disuelto y el mantenimiento de valores adecuados de recirculación y purga del barro excedente. El método basado en la calidad de los barros permite establecer criterios para el manejo de las variables de descarte de barros y la recirculación en base a las características de sedimentabilidad. Este concepto es importante porque la buena separación del barro es esencial para el éxito del proceso de tratamiento. Sin embargo, contrariamente a un concepto ampliamente difundido, el objetivo del control de recirculación basado en la calidad del barro no está directamente relacionado con la biodegradación de la materia orgánica ni con el grado de oxidación del barro. La mejora en la calidad del efluente tratado se logra a través de la optimización del tiempo de retención en el sedimentador, lo cual promueve la selección de bacterias formadoras de floc.