ALGORITMO QUE CONSIDERA EL FENÓMENO DE RECOMBINACIÓN GENÉTICA PARA ESTUDIOS TAXONÓMICOS EN VIROLOGÍA.

RABINOVICH R.,; MARQUINA S.,; GUTSON D.,; GÓMEZ CARRILLO M.,; LIBONATTI O.

Tandil, Pcia de Buenos Aires

Congreso; V CONGRESO ARGENTINO DE VIROLOGÍA, II ENCUENTRO DE VIRÓLOGOS LATINOAMERICANOS; 1996

Sociedad Argentina de Virología

La recombinactón de genomas virales tiene importancia biológica y evolutiva. Constituye un mecanismo de eliminación de errores, deletéreos onginados durante la replicación y de adaptación rápida de virus a cambios en el medio actuando como generador de variabilidad. Además, puede dar como resultado una discontinuidad en la velocidad de la evolución viral. Existe evidencia creciente de que la recombinación es frecuente en determinadas familias de virus como la Retroviridae. En los estudios de evolución de virus se utilizan árboles fliogenéticos obtenidos mediante algoritmos que no tienen en cuenta el evento de recombinación. Las secuencias recombinantes se hacen evidentes sólo si se encuentran incongruencias entre árboles frlogenéticos generados a partir de distintas regiones del genom viral. Entre los algoritmos utilizados se encuentra el UPGMA (unweighted pair group method using arithrnetic averages) que agrupa en forma iterativa las secuencias con menor distancia, originando núcleos o grupos. En este trabajo se presenta un algoritmo que toma en cuenta la posible presencia de secuencias recombinantes. Este calcula las distancias de la misma manera que el UPGMA aunque considerando las posibles recombinacrones generadas a partir dt as secuencias, núcleos y grupos. El cálculo de distancias que involucran posibles recombinaciones se corrige por un coeficiente dependiente de la frecuencia de recombinación y de la tasa de mutación. En el caso de desconocer la frecuencia de recombinación, el algoritmo propuesto permite detectar las recombinaciones más probables. Este método ha sido ensayado en familias de secuencias originadas por simulación bajo los supuestos de que la frecuencia de mutación para cualquier nudeótido es la misma (Jukes Cantor). En estos ensayos el algoritmo demostró su eficacia para detectar eventos de recombinación entre las secuencias estudiadas.