Identificación de genes de referencia para estudios de expresión génica en girasol

MARÍA ANGELINA NOVELLO; GRACIELA MARÍA NESTARES; ANA CLAUDIA OCHOGAVÍA

Rosario

Congreso; XVII Congreso XXXV Reunión Anual de la Sociedad de Biología de Rosario; 2015

El cultivo de girasol (Helianthus annuus L.) es el segundo cultivo oleaginoso en importancia a escala nacional siendo la exportación de su aceite el principal destino de la producción del país. El mejoramiento genético asociadoa la implementación de tecnologías de producción constituye un factor crítico para la optimización de la productividad y el incremento de la calidad. La evaluación molecular de caracteres introducidos usualmente requiere de estudios de expresión génica enlos genotipos mejorados. El objetivo del presente trabajo fue identificar los genes de alta estabilidad en diferentes tejidos y estadios del desarrollo de girasol para ser utilizados como normalizadores en los estudios de expresión génica. Se evaluó la variabilidad de ocho posibles genes de referencia por medio de qRT-PCR. Por un lado se analizaron tres genes constitutivos comunmente utilizados como referencia en ensayos de expresión génica de plantas: ACT (Actina), EF-1(Factor de Elongación 1) y β-TUB (Tubulina β); y por otro lado se ensayaron cinco nuevos genes candidatos, entre ellos PEPKR1 (RNA polimerasa de codificación plastídica), el factor de transcripción SKIP16, el precursor de micro ARN (MIR-171) y dos genes que codifican para proteinas de identidad desconocida (UNK-1 y 2). Los tejidos y estadios estudiados incluyeron dos réplicas biológicas de hojas y raices de 8 y 15 días posgerminación, embriones inmaduros de 9 y 20 días posfecundación y flores maduras e inmaduras. Los resultados se analizaron utilizando dos métodos independientes, por medio del software Best Keeper (BK) y la plataforma Norm Finder(NF). El algoritmo BK basa su selección en función a las correlaciones de Pearsonde los valores de amplificación de cada uno de los genes con respecto a un índice interno.El programa ordenó a ACT,EF-1SKIP16 y UNK-2como los genes más estables. Por otro lado, NF se basa en la estimación de las variaciones inter e intra grupales y también identificó los mismos cuatro genes como los más estables. En la tabla se detallan los coeficientes de correlación (R2) y probabilidad asociada (valor-p) obtenidos por BK y el desvío estandar (Sv) analizado por NF.Ambos programas permitieron identificar a ACT, EF-1, UNK-2 y SKIP16 como los mejores genes normalizadores tanto en tejidos vegetativos como reproductivos y en diferentes estadios del desarrollo. Este trabajo es el primer estudio de caracterización de genes de referencia en una extensa variedad de tejidos y estadios de la especie girasol por lo que será de utlilidad y amplia aplicación en estudios transcriptómicos de caracteres de interés para el cultivo.