Una propuesta para la validacion y verificacion de NGS para uso clínico: aplicación en la determinacion de variantes en los genes BRCA1 y BRCA2

JUAN MARTÍN SENDOYA; YANINA MURUA; PAOLA JABLONSKI; ROXANA CERRETINI; CELESTE MOSQUEIRA; VICTORIA COLICA; OSVALDO PODHAJCER; ANDREA LLERA; MARCELA MENA

Congreso; IX Congreso Argentino de la Calidad en el Laboratorio Clínico y VII Jornadas Latinoamericanas de la Calidad en el Laboratorio Clínico ?CALILAB; 2016

Las tecnologías NGS (Next Generation Sequencing) han revolucionado el mundodiagnóstico al hacer posible la secuenciación completa de genes y genomas en cortotiempo, permitiendo un nuevo tipo de diagnóstico genético basado en eldescubrimiento de nuevas variantes genéticas con potencial patogénico. En susprimeras aplicaciones clínicas, NGS ha demostrado ventajas y limitaciones: la tasa deerrores propia de las tecnologías NGS ha resultado en una proporción baja pero nodespreciable de falsos positivos que hoy pueblan las bases de datos de variantes.Además, al ser ensayos en donde constantemente se definen nuevas variantes de undeterminado gen, es difícil todavía definir el potencial patogénico de las mismas, yaque muchas pueden constituir variantes naturales presentes en la población y noestar directamente relacionadas con la patología en cuestión. Por esta última razón, elconcepto de validación de un ensayo tipo Laboratory Developed Test (LDT) basado ensecuenciación NGS ha sido controvertido a nivel mundial, generando una discusiónextensa sobre los requisitos exigibles para la validación de un ensayo NGS. En nuestropaís es un tema poco explorado, y en la práctica no existen regulaciones queestablezcan las características mínimas que debe cumplir un ensayo clínico basado ensecuenciación NGS. En función de ello, hemos explorado el desempeño de lasecuenciación de los genes BRCA1 y BRCA2 en pacientes con cáncer de mama conantecedentes familiares, y proponemos una serie de parámetros a tener en cuentapara la validación de la misma, extensible a cualquier otro ensayo de NGS paravariantes de línea germinal. Hasta el momento, del total de casos analizados, 6cuentan con validación de resultados, y son los incluidos en este análisis. Se evaluó lasensibilidad [97,37% (95% CI: 89,95%-99,54%)] y especificidad [100% (95% CI:99,99%-99,99%)] analíticas, así como el Valor Predictivo Positivo ([97,37% (95% CI:89,95%-99,54%)], Repetitividad y Reproducibilidad General (95,24% y 95,36%respectivamente). Asimismo, proponemos una serie de metodologías de verificaciónde la calidad de la secuenciación NGS, basadas en cartas de control de parámetrosgenerales, y aplicables a cualquier ensayo NGS realizado en una plataforma IonTorrent.