Caracterización de mutaciones en una línea celular de adenocarcinoma ovárico mediante secuenciación dirigida de 739 regiones propoensas a alteraciones

JUAN MARTÍN SENDOYA; JAVIER OLIVER; NATHALIE VICENTE; GABRIELA MERINO; DANIELA CHIRICO; CECILIA ROTONDARO; ELMER FERNÁNDEZ; OSVALDO PODHAJCER; ANDREA LLERA

Congreso; LIX Reunión Científica Anual de la Sociedad Argentina de Investigación Clínica (SAIC) y LXII Reunión Anual de la Sociedad Argentina de Inmunología (SAI); 2014

El advenimiento de las tecnologías de secuenciación de próxima generación (NGS) ha permitido acelerar los tiempos de la investigación en Genómica y disminuir sus costos. Gracias a estos nuevos métodos hoy es posible realizar caracterizaciones exhaustivas de los distintos tipos de cáncer, ilustrando su heterogeneidad y evolución y brindando herramientas objetivas para guiar el tratamiento oncológico. En el presente trabajo se abordó el diseño, optimización y estandarización de un flujo experimental y de análisis de datos para la secuenciación dirigida de 739 regiones genómicas susceptibles a mutaciones (hotspots), distribuidas en 46 oncogenes/ genes supresores de tumores asociados a distintos tipos de cáncer. A partir de DNA genómico de SK-OV-3 (línea de adenocarcinoma de ovario) y mediante una PCR multiplexada de rendimiento optimizado en el laboratorio, se construyeron bibliotecas de DNA con los hotspots de interés amplificados. Dichas bibliotecas fueron secuenciadas en un secuenciador PGM. Los datos de secuencias obtenidos se sometieron a controles de calidad utilizando herramientas informáticas novedosas desarrolladas en nuestro grupo, y se procedió a la búsqueda de variantes (variant calling) con el software Torrent Variant Caller. Las variantes halladas se sometieron a un proceso de anotación exhaustivo para evaluar su significado biológico. Como resultado se obtuvieron 9 variantes de alta confiabilidad (p=0.00001), incluyendo 4 Variaciones de Nucleótido Único (SNVs) en los genes PIK3CA, KDR, FBXW7 y FLT3 que serían relevantes en la biología de SK-OV-3, con posible impacto en la susceptibilidad a tratamientos dirigidos. La realización de esta prueba de concepto nos ha permitido diseñar una metodología de trabajo con procedimientos y herramientas de análisis novedosas, y transferible al análisis de muestras humanas, que permite identificar en forma confiable y reproducible mutaciones con potencial relevancia biológica y clínica.