Comparación de RT-PCR anidada convencional y RT-PCR en tiempo real para la detección del virus de la diarrea viral bovina en sueros bovinos y fetos abortados

SPETTER, MJ ; LOUGE URIARTE, EL ; ARMENDANO, JI ; VERNA, AE ; PEREYRA, SB ; ODEÓN, AC ; GONZÁLEZ ALTAMIRANDA

Conferencia; XXXIX REUNIÓN CIENTÍFICA ANUAL DE LA SOCIEDAD ARGENTINA DE VIROLOGÍA; 2019

El virus de la diarrea viral bovina (VDVB) causa importantes pérdidas económicas para la industria ganadera a nivel mundial. Dos consecuencias significativas de la infección durante la gestación son la producción de abortos y la generación de bovinos persistentemente infectados (PI), siendo estos últimos la principal fuente de transmisión del virus. La detección del VDVB a partir de fetos abortados o bovinos PI requiere de técnicas con elevada sensibilidad y especificidad, independientemente del tipo y calidad de la muestra, pero además deben ser rápidas y económicas. El objetivo del presente estudio fue comparar diferentes técnicas de PCR para la detección del VDVB en sueros y órganos de fetos bovinos abortados.Se seleccionaron 91 sueros (periodo 2008-2018) y 95 muestras de órganos fetales, que incluyeron bazo y ocasionalmente pulmón o cerebro (periodo 1997-2018), remitidos al Laboratorio de Virología Animal de la EEA Balcarce, INTA. De cada muestra se extrajo el ARN (TRIzol®) y luego se evaluó la presencia de genoma viral por RT-PCR anidada (RT-nPCR) para la detección del gen NS5B (1º ronda, ~1162 pb; 2º ronda, ~360 y ~604 pb para VDVB-1 y -2) y por RT-PCR en tiempo real (RT-rtPCR) para la detección de la región 5´UTR (~160 pb, ambas especies virales). El desempeño diagnóstico entre ambas técnicas se evaluó según los porcentajes de acuerdo positivo y negativo (%pos y %neg) y según la concordancia (coeficiente de Gwet, AC1).Las proporciones de sueros positivos al VDVB fueron similares por RT-nPCR (35,2%; n = 32) y RT-rtPCR (37,4%; n = 34), mientras que los valores de %pos (93,9%), %neg (96,6%) y AC1 (0,92) fueron altos entre ambas técnicas. Respecto a los órganos fetales, las proporciones de positivos fueron diferentes por RT-nPCR (27,4%; n = 26) y RT-rtPCR (34,7%; n = 33), mientras que los valores de %pos (74,6%) y AC1 (0,72) fueron moderados y el de %neg (88,5%) fue alto entre ambas técnicas. El desempeño de las dos técnicas moleculares es similar para detectar el genoma del VDVB en muestras de suero. Los altos valores de %pos, %neg y AC1 indican sensibilidad y especificidad comparable entre ambas técnicas. Sin embargo, en muestras de órganos fetales, la RT-rtPCR tuvo mejor desempeño. Ello explica los valores moderados de %pos y AC1, mostrando diferencias en la sensibilidad entre ambas técnicas. Estos resultados indican que el tipo de muestra (fetos con autólisis y acción de enzimas bacterianas), el tamaño del producto amplificado (mayor en la RT-nPCR) y el almacenamiento prolongado (mayor en fetos) podrían explicar las diferencias observadas en el desempeño de las técnicas evaluadas en este trabajo.