ANÁLISIS DE LA MICROEVOLUCIÓN DE AISLAMIENTOS DE Staphylococcus aureus ST8 RECUPERADOS DE UN MISMO PACIENTE UTILIZANDO SECUENCIACIÓN DE ÚLTIMA GENERACIÓN (NGS)

DI GREGORIO S; CAMPOS J; WELTMAN G; ZARATE S; SMAYEVSKY J; MOLLERACH M

Buenos Aires

Congreso; VIII Congreso de la Sociedad Argenina de Bacteriologia, Micologia y Parasitologia Clinicas; 2018

Asociación Argentina de Microbiología

Introducción:Staphylococcus aureus es un patógeno con extraordinaria capacidad para adquirir resistencia a antibióticos. Previamente describimos la caracterización molecular de 4 aislamientos isogénicos de S. aureus del ST8, recuperados sucesivamente de un paciente con bacteriemia. Los primeros aislamientos (SAMS1, SAMS2, y SAMS3) fueron sensibles a cefoxitina (FOX) y oxacilina (OXA), mientras que el último (SA2) resultó sensible a FOX y resistente a OXA, pero carente del gen mecA o mecC.En este estudio, nuestro objetivo fue caracterizar las secuencias del genoma completo (SGC) de tales cepas isogénicas con el fin de desentrañar los cambios genómicos asociados a su resistencia a antibióticos. Materiales y Métodos:Se realizó la extracción de ADN genómico total utilizando un kit comercial, y la SGC de los aislamientos con la plataforma Miseq (Illumina) usando la química V2. El control de calidad de los reads obtenidos se realizó con FASTQC. Para el análisis de secuencias se utilizaron los siguientes programas: SMALT (mapeo de los reads contra genoma de referencia), snippy (detección de polimorfismos únicos de nucleótidos, SNPs), ARIBA con bases de datos resfinder, argannot y CARD (detección de genes de resistencia), SPAdes/Velvet (ensamble de novo), PROKKA (anotación de genes). Todas las variantes fueron inspeccionadas y corroboradas manualmente mediante su visualización con Artemis.Se realizó la determinación de la concentración inhibitoria mínima (CIM) para vancomicina (VAN), y teicoplanina (TEI) por Vitek, y el ensayo de predifusión con discos de VAN y TEI como test de screening para hVISA (punto de corte VAN