Distancias multivariadas entre perfiles moleculares individuales multilocus-multialelos

BRUNO, C.; BALZARINI, M.

San Miguel de Tucumán, Tucumán.

Congreso; XIII Reunión Científica del Grupo Argentino de Biometría; 2008

Grupo Argentino de Biometría

Para expresar la magnitud de la identidad genética (similaridad) o su complemento (distancia), usando datos de marcadores multilocus-multialélicos, es necesario elegir una métrica multivariada. Las métricas de distancias genéticas fueron diseñadas para expresar la diferencia genética entre poblaciones como un único número. No obstante, estas métricas pueden ser calculadas entre pares de individuos, teniendo en cuenta que las frecuencias alélicas serán de naturaleza discreta al trabajar con individuos en lugar de poblaciones. El objetivo de este trabajo es evaluar el desempeño de diferentes métricas de distancia factibles de aplicar a datos de marcadores microsatélites (SSR) para ordenar y clasificar individuos. Se trabajó con datos de 17 loci SSR obtenidos a partir de 17 accesiones de un banco de germoplasma de soja Glycine max (L.) Merr.]. Se evaluaron 9 medidas de distancias, expresadas en términos de frecuencias alélicas por locus y dos medidas de distancia expresadas como (1-S)1/2 donde S es un índice de similaridad para datos binarios en términos de variables indicadoras que sugieren presencia/ausencia de cada alelo. Las métricas basadas en frecuencias alélicas fueron obtenidas desde bases de datos de individuos por locus donde cada celda contiene información del genotipo, i.e. la combinación de alelos de cada locus; las frecuencias de cada alelo en un locus para un individuo pueden ser 0, 0.5 o 1. Las métricas usadas fueron Nei-Estándar, Nei-Insesgado, Nei-Mínimo, Nei, Roger-Mofificada, Prevosti, Smouse-Peakall, Cuerda y Arco de Cavalli-Sforza. Entre las métricas geométricas obtenidas desde matrices binarias de individuos por alelos, donde cada celda contiene datos de presencia/ausencia de un determinado alelo, se evaluaron las propiedades de Jaccard y Emparejamiento Simple. Las diferentes posibilidades de estimar distancias entre individuos a partir de datos provistos por marcadores SSR son altamente congruentes. Tanto Jaccard como Emparejamiento Simple, son métricas que no tienen en cuenta la estructura multilocus-multialélo de los SSR sin embargo producen buenos resultados.