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Los objetivos fueron analizar la alfa y beta diversidad de la comunidad pasiva de rotíferos en llanuras de inundación a lo largo de un gradiente de conectividad hidrológica con el río y evaluar la relación entre la composición de la comunidad y variables ambientales locales y espaciales. El muestreo ocurrió en dos humedales del Río Danubio (Austria), Lobau y Orth, en septiembre de 2016, tomando sedimento superficial en 12 sitios geolocalizados, abarcando un gradiente de conectividad hidrológica. Los sedimentos se almacenaron a 4º C y en oscuridad durante 10 meses. Posteriormente, se realizó un ensayo de eclosión incubándolos a 20°C y con fotoperiodo 12:12 (luz:oscuridad) durante 70 días. Se obtuvieron muestras cada 3 días, totalizando 20 para cada sitio. Se identificó a las especies bajo microscopio y se determinó la diversidad taxonómica en cada sitio. La diversidad regional fue de 63 especies habiendo, para ambos humedales, una disminución de la riqueza local al aumentar la conectividad del sitio. Se encontraron 23 géneros, siendo Lecane y Trichocerca los más frecuentes. La beta diversidad intra y entre humedales fue elevada (se observó que un tercio de las especies aparecieron solo en un sitio). No se observó relación entre la beta diversidad y la distancia geográfica entre los sitios a escala regional, pero se vio una tendencia positiva dentro de cada humedal. Los cuerpos de agua en Lobau se caracterizaron por ser de morfología más ancha, mientras que los de Orth presentaron condiciones más lóticas. La composición de especies se relacionó débilmente con las características hidrológicas o morfométricas de los cuerpos de agua, y las variables espaciales resultaron no significativas, sugiriendo una alta estocasticidad en la distribución de la comunidad pasiva en estos ambientes. Las comparaciones entre la comunidad activa y pasiva mostraron diferencias en cuanto a la composición de estas comunidades.