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Dentro de los humedales patagónicos, se destacan los ?mallines?, palabra que en Mapuche significa área inundada o bajo donde se acumula el agua. Generalmente son de escasas dimensiones y su existencia depende principalmente de la interacción local de factores litológicos, topográficos e hidrológicos. De este modo, se localizan tanto en el bosque como en la estepa, conformando una fuente importante de recursos para especies nativas terrestres y acuáticas, y por ser los ambientes patagónicos de mayor productividad forrajera presentan un uso ganadero generalizado que sustenta gran parte la economía regional. Más aún, en toda la Patagonia, prácticamente no se encuentran mallines que no hayan sido utilizados para actividades antrópicas. A la fecha se cuenta con información ambiental y biótica de mallines, ubicados desde el centro de la Provincia de Neuquén hasta el sur de Tierra del Fuego, y desde el nivel del mar hasta los 1400 m snm. Basados en varios proyectos de investigación y más de 10 años de trabajo, se discuten resultados que muestran patrones abióticos y bióticos de los mallines estudiados. Para evaluar el estado de la calidad del agua de los mallines, entre las variables ambientales se destaca la concentración de los nutrientes y el total de sólidos en suspensión, factores que tienden a aumentar en función de la intensidad del disturbio antrópico. Entre los factores bióticos, se destacan la cobertura total de plantas acuáticas y la riqueza de familias de insectos. Si bien al comparar con otras regiones del país o del mundo, los mallines presentan estados de conservación relativamente buenos, los mismos están amenazados por numerosas actividades antrópicas, lo que sumado a la falta de áreas protegidas cuyos objetivos incluyan la conservación de estos humedales, determina su actual estado de vulnerabilidad.

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