CARACTERIZACIÓN POR AFLP DE GENOTIPOS UNIFORMES DE TOMATE Y SELECCIÓN DE CEBADORES QUE MAXIMIZAN EL POLIMORFISMO MOLECULAR

CABODEVILA, VICTORIA G.; CACCHIARELLI, PAOLO; CACCHIARELLI, PAOLO

CASILDA

Congreso; XIV CONGRESO DE LA SOCIEDAD DE BIOLOGIA DE ROSARIO; 2012

SOCIEDAD DE BIOLOGIA DE ROSARIO

El tomate cultivado (Solanum lycopersicum) es una Solanácea de gran importancia económica en el mundo. Las especies silvestres emparentadas a un cultivo representan una fuente de diversidad genética para incorporar a los programas de mejoramiento genético. Las generaciones segregantes de los híbridos de segundo ciclo pueden presentar nuevas combinaciones genéticas entre los alelos favorables que fueron acumulados en las generaciones de autofecundación y selección a través de las cuáles se originaron sus líneas progenitoras, tanto en especies autógamas como en alógamas. Su caracterización mediante el uso de marcadores moleculares es una importante herramienta para detectar variaciones en la composición genética entre materiales de primer y segundo ciclo. Entre ellos, los AFLP (Polimorfismo en la Longitud de los Fragmentos Amplificados) tienen un alto poder de resolución debido a la gran cantidad de amplicones generados y a la posibilidad de usar diferentes combinaciones de cebadores. Los objetivos de este trabajo fueron caracterizar genotipos uniformes de segundo ciclo mediante marcadores AFLP, comparar la variación molecular de estos materiales con los de primer ciclo que le dieron origen y seleccionar las combinaciones de cebadores que detecten el mayor polimorfismo entre ellos. Los materiales de segundo ciclo caracterizados fueron dos líneas recombinantes (RIL) que se obtuvieron en el programa de selección divergente y antagónica para los caracteres peso y vida poscosecha de los frutos (ToUNR1 y ToUNR18) y el híbrido entre ellas (F1ToUNR18xToUNR1), empleándose como testigos (materiales de primer ciclo) a S. lycopersicum cv. Caimanta, S. pimpinellifolium LA722 y su híbrido interespecífico (F1CaimantaxLA722), genotipos de los cuáles se derivaron las RILs. A partir del ADN extraído de los estos genotipos, se realizó la restricción y ligación del material, pre-amplificación y amplificación selectiva según protocolos estándares, utilizando 36 combinaciones de cebadores universales (Tabla 1). Los amplicones fueron resueltos en geles de poliacrilamida y revelados mediante tinción con nitrato de plata. Los geles se digitalizaron y fueron evaluados mediante el software GelPro. Se determinó la cantidad de bandas totales, cantidad de bandas polimórficas y porcentaje de polimorfismo para los materiales de segundo ciclo y de primer ciclo por separado a fin de comparar la variación entre ambos grupos y luego para el total de genotipos a fin de seleccionar las combinaciones de cebadores que generan mayor polimorfismo. Se calcularon los coeficientes de similitud de Jaccard y se realizó un análisis de conglomerados siguiendo un criterio de agrupamiento jerárquico a través del método UPGMA con el fin de detectar las asociaciones entre los genotipos evaluados. Se obtuvieron en total 1394 bandas, de las cuales 1060 resultaron ser polimórficas. El porcentaje de polimorfismo total fue de 0,76. El polimorfismo para ToUNR1, ToUNR18 y su F1 fue de 0,54, mientras que para S. lycopersicum cv caimanta, S.pimpinellifolium LA722 y su F1 fue de 0,43. El porcentaje de polimorfismo para ToUNR1, ToUNR18 y su F1 fue mayor que para S. lycopersicum cv caimanta, S.pimpinellifolium LA722 y su F1. Se esperaría encontrar mayor contenido de polimorfismo entre los parentales que entre las RILs, sin embargo esto no sucede, lo que estaría indicando que existe recombinación y arreglos de genes. Las combinaciones que mas polimorfismo total presentaron fueron la L (1), AA (1), R (0,97), G (0,95), I (0,95), C (0,92), F (0,91) y Q (0,90) (Tabla1). En cuanto al contenido de bandas polimórficas, presentaron mayor número las combinaciones F (42), H (46), J (57), HH (87), II (100) y JJ (65) (Tabla 1). En lo referido al número total de bandas las mejores combinaciones fueron II (134), HH (113), JJ (110), J (81), H (63) y D (50). En la combinación U no se registraron bandas. Para seleccionar las mejores combinaciones de cebadores, es importante tener en cuenta aquellas que produzcan un contenido de polimorfismo importante y que también presenten alto número de bandas. Las mejores combinaciones que reunían las condiciones anteriores, y por lo tanto, los cebadores seleccionados, fueron los de las combinaciones F, J, H, HH, II y JJ. La Figura 1 muestra el análisis de agrupamiento. El mismo mostró una correlación cofenética de 0,925. Se observó que a una distancia de 0,73, se separan por un lado la RIL 1 y por otro todo el resto de los genotipos. A los 0,57, se vuelve a separar y deja por un lado a S. lycopersicum cv caimanta, S. pimpinellifolium LA722 y su F1, y por otro lado, a la ToUNR18 y a la F1 (ToUNR18xToUNR1). Esto estaría indicando que presentan más similitud los parentales y su F1 entre ellos y las RILs y su F1 entre ellos. La caracterización reveló amplio polimorfismo, siendo mayor entre RILs y su F1 que para los materiales que le dieron origen a esas líneas y su híbrido interespecífico. También, permitió seleccionar seis combinaciones de cebadores, las cuales serán utilizadas para la caracterización de genotipos y posterior detección de QTLs (loci de caracteres cuantitativos) involucrados en calidad del fruto y vida poscosecha.