Una propuesta para la validacion y verificacion de NGS para uso clínico: aplicación en la determinacion de variantes en los genes BRCA1 y BRCA2

SENDOYA, JUAN M.; MURUA, YANINA A.; JABLONSKI P; CERRETINI R; MOSQUEIRA C; CÓLICA V; PODHAJCER OSVALDO; LLERA ANDREA; MENA MARCELA

Congreso; IX Congreso Argentino de la Calidad en el Laboratorio Clínico y VII Jornadas Latinoamericanas de la Calidad en el Laboratorio Clínico ?CALILAB; 2016

Las tecnologías NGS (Next Generation Sequencing) han revolucionado el mundo diagnóstico al hacer posible la secuenciación completa de genes y genomas en corto tiempo, permitiendo un nuevo tipo de diagnóstico genético basado en el descubrimiento de nuevas variantes genéticas con potencial patogénico. En sus primeras aplicaciones clínicas, NGS ha demostrado ventajas y limitaciones: la tasa de errores propia de las tecnologías NGS ha resultado en una proporción baja pero no despreciable de falsos positivos que hoy pueblan las bases de datos de variantes. Además, al ser ensayos en donde constantemente se definen nuevas variantes de un determinado gen, es difícil todavía definir el potencial patogénico de las mismas, ya que muchas pueden constituir variantes naturales presentes en la población y no estar directamente relacionadas con la patología en cuestión. Por esta última razón, el concepto de validación de un ensayo tipo Laboratory Developed Test (LDT) basado en secuenciación NGS ha sido controvertido a nivel mundial, generando una discusión extensa sobre los requisitos exigibles para la validación de un ensayo NGS. En nuestro país es un tema poco explorado, y en la práctica no existen regulaciones que establezcan las características mínimas que debe cumplir un ensayo clínico basado en secuenciación NGS. En función de ello, hemos explorado el desempeño de la secuenciación de los genes BRCA1 y BRCA2 en pacientes con cáncer de mama con antecedentes familiares, y proponemos una serie de parámetros a tener en cuenta para la validación de la misma, extensible a cualquier otro ensayo de NGS para variantes de línea germinal. Hasta el momento, del total de casos analizados, 6 cuentan con validación de resultados, y son los incluidos en este análisis. Se evaluó la sensibilidad [97,37% (95% CI: 89,95%-99,54%)] y especificidad [100% (95% CI: 99,99%-99,99%)] analíticas, así como el Valor Predictivo Positivo ([97,37% (95% CI: 89,95%-99,54%)], Repetitividad y Reproducibilidad General (95,24% y 95,36% respectivamente). Asimismo, proponemos una serie de metodologías de verificación de la calidad de la secuenciación NGS, basadas en cartas de control de parámetros generales, y aplicables a cualquier ensayo NGS realizado en una plataforma Ion Torrent.