Evaluación de la diversidad nucleotídica y el desequilibrio de ligamiento en líneas elite de girasol (Helianthus annuus)

FUSARI CM; LIA VV; HOPP E; HEINZ RA; PANIEGO NB

Viña del Mar

Congreso; VI ENCUENTRO LATINOAMERICANO DE BIOTECNOLOGIA AGROPECUARIA - REDBIO´2007- CHILE; 2007

Fundación para la Innovación Agraria (FIA), Innova-Chile, FAO

Los polimorfismos de simple nucleótido (SNPs) y las pequeñas inserciones y/o deleciones (InDels), conjuntamente con las técnicas de genotipificación actuales, constituyen herramientas poderosas para realizar estudios genéticos de asociación. Estos estudios comprenden, entre otros, el análisis de la diversidad nucleotídica y el desequilibrio de ligamiento (LD). La diversidad nucleotídica es una fuente importante de variación fenotípica, por lo tanto, el estudio sistemático de asociación entre SNPs y fenotipos es una alternativa promisoria para la identificación de variantes alélicas causativas (Quantitative Trait Nucleotides, QTNs). Aquí presentamos los resultados de la evaluación de la diversidad nucleotídica y el LD mediante el estudio de SNPs e InDels en líneas elite de girasol. Para ello, se amplificaron las regiones codificantes y no codificantes correspondientes a 22 genes y polimorfismos candidatos relacionados con respuestas a estrés sobre 19 accesiones. En este proceso se combinó la información disponible para girasol en bases de datos públicas con la confirmación experimental de los polimorfismos identificados. El tamaño total del consenso obtenido fue de 11067pb, el 56% del mismo corresponde a secuencia codificante. El programa SeqScape (Applied Biosystems) permitió definir 117 SNPs informativos y 44 InDels. En promedio, esto representa 1 SNP cada 94.56pb, estimación que coincide con la obtenida del análisis in silico de 55,532 ESTs de girasol usando el programa SNPDiscovery. La diversidad nucleotídica (Pi y ThetaW), el número de haplotipos promedio y los índices R2 para la evaluación del LD se determinaron utilizando el programa DNAsp. Los valores de R2 decaen hasta 0.2 a las 504pb, y llegan a 0.1 a las 2285pb. Los valores Pi y ThetaW estimados sobre el conjunto de líneas estudiadas son comparables a los publicados para girasol cultivado por Liu y Burke (2006). Para evitar posibles distorsiones introducidas por las diferencias en el muestreo de loci y para determinar las relaciones entre los genotipos usados en ambos trabajos, se incluyeron los 9 loci analizados por dichos autores.Los resultados obtenidos sugieren que el mapeo de caracteres agronómicos basado en estudios de asociación puede resolver problemas en la identificación de genes responsables de las variantes funcionales presentes en el germoplasma de girasol.