Identificación de retroelementos tipo LTR in silico y su distribución cromosómica en Capsicum annum

YAÑEZ ANAHÍ; PAZ ROSALIA; ANDINO, NATALIA; URDAMPILLETA JUAN

Congreso; XXXVI Jornadas Argentinas de Botanica y XXVII Reunion Anual de la Sociedad Botanica de Chile.; 2017

IDENTIFICACION DE RETROELEMENTOS TIPO LTR IN SILICO Y SU DISTRIBUCION CROMOSOMICA EN Capsicum annuum.IDENTIFICATION OF RETROELEMENTS TYPE LTR IN SILICO AND CHROMOSOMAL DISTRIBUTION IN Capsicum annuum.Yáñez, Anahí1; Paz, Rosalía1; Andino, Natalia1; Urdampilleta, Juan21 CIGEOBIO (CONICET/FCEFyN-UNSJ) Av. Ignacio de la Roza 590 (Oeste), J5402DCS, Rivadavia, San Juan, Argentina; 2 IMBIV (CONICET/UNC) Av. Vélez Sarsfield 299. 2do piso. (5000) Ciudad de Córdoba, Córdoba, Argentina. E-mail: anahimyanez@gmail.comPimiento (Capsicum annuum) es una hortaliza perteneciente a la familia de las Solanáceas de gran valor económico y que cuenta con un gran número de cultivares comerciales y silvestres. Una gran porción del genoma de esta especie está constituida por retroelementos del orden LTR (del inglés, Long Terminal Repeats) con un potencial uso como marcadores moleculares para distinguir variedades. En trabajos bioinformáticos anteriores sobre el genoma de referencia de C. annuum cv. Zunla, hemos identificado 1235 retroelementos completos e intactos, de los cuales solamente 3 familias representan aproximadamente el 60% de los retroelementos detectados: GypsyZla_13 (6,2%), CopiaZla_01 (8,8%) y GypsyZla_16 (45,7%), perteneciente a los clados Del/Tekay, Retrofit/Ale y Athila respectivamente. El análisis de secuencias permitió el diseño de cebadores específicos sobre las regiones codificantes RT y RH. Los fragmentos amplificados por PCR, clonados y secuenciados, se utilizaron como sondas específicas en métodos de hibridación in situ fluorescente (FISH). Con el fin de comparar la distribución y abundancia relativa de estas familias dentro del genoma C. annuum, las mismas fueron utilizadas para comparar y caracterizar diferentes cultivares de pimiento comerciales y silvestres. Nuestros resultados sugieren que existe una distribución diferencial de dichos retroelementos entre los cultivares evaluados.Financiamiento: D-TEC 0008/13 (AGENCIA, MINCyT, Argentina). PROJOVI 2015 (UNSJ)