Análisis del perfil de expresión génica de macrófagos alveolares expuestos a lipopolisacárido

QUERCETTI, R.; RODRIGUEZ, M.J.; MARTINELLI, R.; DAURELIO, L.D.; ESTEBAN, L.

Rosario

Congreso; XVII Congreso y XXXV Reunión Anual de la Sociedad de Biología de Rosario (SBR); 2015

Sociedad de Biología de Rosario (SBR)

El lipopolisacárido (LPS) es una potente endotoxina proinflamatoria que desempeña una importante función en la activación del sistema inmune en varios tipos celulares, especialmente en Macrófagos. Debido a que el pulmón constituye una puerta de entrada frecuente a patógenos, resulta interesante el estudio de macrófagos alveolares expuestos a LPS. En este trabajo se analizó el microarrego de ADN GSE40885 (Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array) descargado de la base de datos Gene Expression Omnibus (GEO). En este experimento el ARN fue aislado de macrófagos alveolares de hombres sanos (n=14) expuestos a solución salina esteril (Co) o a LPS (To) (4ng/kg por 6horas). El análisis se realizó con el software R 3.03 y librerias de Bioconductor (http://www.bioconductor.org/). Los datos crudos fueron preprocesados con la función RMA y el análisis de la expresión diferencial fue realizada con el paquete Limma, para la identificación de genes que presentan perfiles de expresión diferentes en las dos condiciones experimentales. Se detectaron 2487 genes diferencialmente expresados. Para asignar significado biológico a esta amplia lista de genes se realizó análisis de enriquecimiento en vías KEGG en la pltaforma DAVID (https://david.ncifcrf.gov/). La lista de genes obtenida se encontró enriquecida en 42 vías con p-values menores a 0,01. Las que presentaron valores mas significativos fueron aquellas relacionadas con la señalización de quimioquinas y con la apoptosis. En segundo lugar se encontraron, como era de esperarse, vías relacionadas a receptores de diferentes patógenos y citocinas, como Toll-like receptor signaling pathway. También se observó el enriquecimiento en vías relacionadas con tumores malignos, especialmente la de Small cell lung cancer. Este análisis permitió descubrir vías metabólicas involucradas en la respuesta del sistema inmune frente a LPS que pueden resultar interesantes para encontrar posibles blancos terapéuticos para patologías pulmonares.