Analisis y caracterización del primer genoma cloroplastídico de Ilex dumosa

CASCALES JIMENA; BRACCO MARIANA; POGGIO LIDIA; GOTTLIEB ALEXANDRA M

Bariloche

Congreso; XLIII Congreso Argentino de Genetica; IV Reunión SAG- La Pampa Patagonia; 2014

Sociedad Argentina de Genética

Ilex dumosa, la "yerba señorita", pertenece al mismo género que la yerba mate, y con ella se elaboran infusiones equivalentes al mate, pero con menor contenido de cafeína. Esta característica, sumada a su mayor resistencia a factores bióticos y abióticos, la convierten en un reservorio de genes de interés agronómico para el mejoramiento de la yerba mate. Sin embargo, se conoce muy poco sobre la genética básica. En este trabajo se obtuvo, por primera vez, la secuencia completa del genoma cloroplastídico de I. dumosa. Para esto se aislaron cloroplastos enteros, de los cuales se extrajo el ADN plastídico. El genoma fue secuenciado mediante Whole Genome Sequencing (WGS) en el INDEAR, usando la tecnología Roche 454. Se obtuvieron en total 232.018 pb en 1454 lecturas, que fueron ensambladas en 101 contigs. El análisis bioinformático realizado por nuestro grupo permitió obtener un plastoma consenso de 157 Kb, con una estructura cuadripartita típica (las regiones de copia única, mayor y menor, y dos regiones invertidas repetidas). La anotación funcional detectó 30 genes de tRNAs, 4 de rRNAs y 80 codificantes; de éstos 18 poseen intrones. Se detectaron 25 secuencias palindrómicas y 22 repeticiones directas (tamaño >30 pb). Se logró completar los gaps, y verificar las uniones entre las regiones, mediante el diseño de cebadores específicos y secuenciación de Sanger. La información generada en este estudio provee una base para el desarrollo de futuras tecnologías de transgénesis.