Visualización de la expresión diferencial de proteínas utilizando bibliotecas de ADN marcadas.

ASENSIO, CJA; MASSIP COPIZ, M.M.; CLAUZURE, M.; VALDIVIESO, A.G.; SANTA COLOMA, TOMAS A

Congreso; LIX Reunión Anual de la SAIC.; 2014

Los proteomas eucariotas son diversos en secuencias y estructuras proteicas. La unión de ADN de cadena simple a proteínas podría servir como otro método para detectarlas sobre membranas de nitrocelulosa. Utilizando una biblioteca de ADN biotinilado de secuencia al azar, exploramos si la interacción ADN-proteína sirve cómo técnica de marcación de proteínas celulares separadas en geles y electrotransferidas a nitrocelulosa. Evaluamos los alcances de la técnica estudiando diversas variables experimentales: 1) la longitud y diversidad de las secuencias de ADN (secuencias aleatorias o únicas); la estructura (cadena simple o doble) y el plegamiento del ADN; la intensidad de marcación con biotina. 2) el tipo de lisado (órganos o líneas celulares) y su abundancia y diversidad en proteínas. 3) la intensidad de la interacción ADN-proteínas, la influencia del buffer de unión/lavados (pH, sales, etc.) y la competencia con ADN no marcado. 4) la compatibilidad con el rojo ponceau, los western blots y con la ECL efectuados sobre la misma membrana de nitrocelulosa. Los resultados indican: a) en lisados hay numerosas proteínas que unen ADN y algunas sirven como normalizadoras de carga para comparar distintas calles; b) los patrones no coinciden completamente con el obtenido con rojo ponceau y algunas proteínas pueden ser detectadas con mayor sensibilidad que este; c) los patrones proteicos difieren parcialmente entre distintos órganos o líneas celulares lo que implica un posible uso de la técnica en la visualización diferencial de proteomas. Además, hemos explorado si una biblioteca de ADN con secuencias aleatorias puede comenzar a ser seleccionada (aumentando la especificidad) contra alguna banda proteica efectuando rondas sucesivas como en una selección tradicional de aptámeros de ADN. Agradecimientos: Subsidios: CONICET PIP 2012-2014-0685; ANPCYT PICT 2012-1278; UCA. Becas: CONICET (MMMC) y UCA (MC).