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Los hongos tienen un rol ecológico muy importante en la calidad y producción de los suelos y constituyen aproximadamente el 50% de la biomasa de los suelos agrícolas. Las prácticas agrícolas y la aplicación de agroquímicos producen un desbalance en las comunidades microbianas del suelo, disminuyendo la calidad del mismo. La ecología microbiana molecular nos muestra que solamente una pequeña fracción de los hongos del suelo son aislados e identificados, debido a que la mayoría no son cultivables. En los últimos años se han desarrollado novedosos métodos para estudiar la diversidad de los microorganismos del suelo. Las técnicas incluyen la extracción y amplificación del ADN de la muestra, utilizando kits de extracción y cebadores específicos para el grupo en estudio. Una de las técnicas más poderosas para generar perfiles moleculares a nivel de comunidad es la electroforesis en gel de gradiente desnaturalizante ?DGGE?, y es una técnica tan potente que puede encontrar diferencias en el ADN de tan solo una base nitrogenada. El DGGE ha demostrado ser una herramienta muy útil para el estudio de la identificación de las especies y la biodiversidad microbiana. El objetivo de este trabajo fue determinar la influencia que tiene la aplicación de distintos herbicidas (dosis y combinaciones) sobre las comunidades fúngicas de suelos agrícolas, aplicando DGGE para generar los perfiles moleculares de cada comunidad. Se estudió la diversidad fúngica mediante la amplificación por PCR del ADNr (secuencia ITS1-5.8S-ITS2) a partir del ADN total del suelo y se analizaron por DGGE, incluyendo así los organismos no cultivables. Los resultados aún son preliminares pero se han detectado diferencias en cuanto a la diversidad de hongos en los tratamientos con herbicida con respecto a los controles sin aplicación.