Uso de tecnologías de secuenciación de ADN de alto rendimiento para el estudio de comunidades microbianas del suelo

N. RASCOVAN, M.B. CARBONETTO, M.D. REINERT, S. REVALE, R. ALVAREZ, A. MENTABERRY, M.P. VAZQUEZ

Congreso; XXIII Congreso Argentino de la Ciencia del Suelo; 2012

La biodiversidad de microorganismos es esencial para la calidad y nutrición del suelo, pero más del 90% de las bacterias y hongos del suelo son aún desconocidos. La llegada de las tecnologías de secuenciación de ADN de alto rendimiento ha permitido acelerar drásticamente el estudio de la biología del suelo permitiendo analizar en forma directa y sin necesidad de cultivos y aislamientos, las comunidades de microorganismos a partir de sus secuencias de ADN. Desde el 2010 esta tecnología se encuentra disponible en Argentina en el instituto INDEAR de Rosario. Entre los objetivos principales de su incorporación se encuentra la caracterización de las comunidades microbianas de los suelos argentinos y el estudio del impacto de la agricultura sobre estas comunidades. Hasta el momento se han realizado 18 corridas completas de muestras de suelo obtenidas en cinco puntos de la región pampeana generando más de 17 millones de secuencias de ADN metagenómico y 1 millón de secuencias de 16S rRNA, un set de datos denominado PAMPA Dataset. El análisis de los datos permitió identificar más de 7.000 especies microbianas a partir de las secuencias genómicas y estimar 32.000 posibles especies a partir de los marcadores 16S rRNA. Además se pudieron analizar 466 categorías metabólicas e identificar 14.675 funciones enzimáticas. La incorporación de este tipo de tecnologías en el estudio de la biología de suelos en la región podría representar de esta manera un avance sustancial en el conocimiento de las comunidades microbianas del suelo y su rol en el ecosistema.