DIGESTIÓN IN-SILICO DE GENOMAS DE MAÍZ Y TRUCHA ARCOIRIS: ELECCIÓN DE ENZIMAS DE RESTRICCIÓN PARA SECUENCIACIÓN MASIVA DE REPRESENTACIÓN REDUCIDA

AGUILA, FE; BECKER, LA; DE CARLI, P

Río Cuarto

Congreso; LI Congreso Argentino de Genética; 2023

Sociedad Argentina de Genética

La elección de las enzimas de restricción utilizadas en la preparación de bibliotecas GBS (genotyping-by-sequencing) depende de varios factores: el número de marcadores requeridos, el nivel deseado de multiplexación y el enriquecimiento de SNPs (single nucleotide polymorphisms) génicos. Se ha demostrado que el uso de enzimas sensibles a metilación, es decir, aquellas que no cortan el sitio de reconocimiento de la secuencia si se encuentra metilado, es efectivo para el enriquecimiento de regiones génicas. En este trabajo se pusieron a prueba tres programas de digestión in silico de genomas (SimRAD, DepthFinder y egads), para evaluar la efectividad en la reducción de complejidad del genoma y enriquecimiento de SNPs génicos. Se realizaron digestiones in silico de los genomas de trucha arcoiris (Oncorhynchus mykiss) y maíz (Zea mays), utilizando un par de enzimas insensibles a metilación (ddRADseq) o un par de enzimas donde una es sensible (epiRADseq), alternando su frecuencia de corte. Además, se evaluó la cantidad de locirecuperados mediante la selección de tamaños de dos intervalos, uno estrecho (250-320 bp) y otro amplio (300-450 bp). No se encontraron diferencias en lacantidad de loci recuperados entre los programas, aunque existen diferencias en la facilidad de uso, requerimientos informáticos y salidas. Respecto a ladigestión de los genomas, se observó una tendencia a obtener más loci con la selección de tamaño amplia en todas las combinaciones de enzimas. Estos resultados demuestran la utilidad de la digestión in silico previo a la preparación de bibliotecas genómicas.