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La genómica de organelas se ha convertido en un importante campo de estudio con aplicaciones en modelos moleculares, filogenia, taxonomía, genética poblacional y biodiversidad. El ADN mitocondrial (ADNmt) es un material interesante para este tipo de estudios ya que posee: i) evolución lenta en las regiones codificantes que corresponden a proteínas ribosomales, ARNt y algunas de las subunidades de las enzimas que participan en los complejos de fosforilación oxidativa y ii) zonas no codificantes de origen nuclear, cloroplástico o sin similitud con otras secuencias, que se re-arreglan rápidamente (Clifton et al., 2004). La organización del genoma mitocondrial de las plantas es muy compleja, su tamaño puede experimentar una variación entre individuos de una misma o distintas especies, por medio de recombinación homóloga (Fauron et al., 1995). Hasta el momento los genomas mitocondriales de dicotiledóneas completamente secuenciados corresponden a Arabidopsis thaliana, Beta vulgaris, Brassica napus y Nicotiana tabacumsiendo ésta última la única correspondiente a una Solanácea hasta la fecha. (Sugiyama et al., 2005). Las Solanáceas han sido extensamente utilizadas como plantas modelos para estudiar características tales como: desarrollo de frutos y mecanismos de defensa en tomate y pimiento, y desarrollo de tubérculos en papa. Actualmente se están llevando a cabo los proyectos de secuenciación del genoma nuclear y mitocondrial de tomate (http://www.sgn.cornell.edu/about/tomato_sequencing.pl) y nuclear de papa (Potato Genome Sequencing Consortium; www.potatogenome.net) Este trabajo refleja los primeros avances en el proyecto de secuenciación de genoma mitocondrial de Solanum tuberosum y su comparación con el genoma mitocondrial de N. tabacum y las secuencias disponibles al momento de escritura, del ADNmt de tomate.

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