Detección de anomalías cromosómicas en el caballo domestico mediante datos de genotipado de matrices SNP

PIROSANTO YAMILA; LASECA, NORA; VALERA, M.; MOLINA ANTONIO; MORENO-MILLÁN, M.; BUGNO PONIEWIERZKA M.; ROSS PABLO; DEMYDA-PEYRÁS, SEBASTIÁN

buenos aires

Congreso; X JORNADAS DE JÓVENES INVESTIGADORES; 2021

La detección de alteraciones del número de copias (CNA) mediante datos de SNP es unatécnica utilizada en el asesoramiento genético humano. Sin embargo, apenas se haempleado en animales domésticos y menos aún como metodología de cribado. Hasta lafecha solo hay un estudio sistemático a gran escala realizado en novillos y en caballossolo se informe dos estudios reducidos que utilizan metodología similar. La incidencia deaberraciones cromosómicas relacionadas con el sexo ha aumentado en el caballodomestico en comparación con el resto de las especies domésticas. Entre ellas lamonosomía, mosaicismo y trastornos del desarrollo sexual, son las frecuentes. Estossíndromes son difíciles de detectar precozmente, debido a la ausencia de anomalíasreproductivas hasta la pubertad, y mediante métodos automatizados. Por otro lado, enmamíferos se conoce una región especifica que tiene alto grado de homología desecuencia entre los cromosomas sexuales, denominada PAR. En caballos esta región seubica en el brazo p del cromosoma X, pudiéndose ser clave para la detección de yeguas63X. Por lo expuesto anteriormente, el objetivo del presente trabajo es desarrollar unatécnica sencilla, robusta y semiautomática para detectar anomalías cromosómicas encaballos, mediante la detección de CNA a partir del análisis de los datos de las dosplataformas de genotipado SNP. Se analizaron 264 caballos Pura Raza Española, loscuales fueron genotipados utilizando el SNP HD que consta de 670 mil SNPs. Losindividuos se agruparon en 7 grupos y se analizaron los cromosomas 10 y el X, utilizandoel cromosoma 10 como control. El cromosoma X se lo dividió en dos zonas: PAR yNOPAR. La detección del CNA se realizó analizando los valores de intensidad de señalentre los diferentes grupos utilizando el entorno estadístico R. Las diferencias estadísticasse determinaron mediante un modelo lineal generalizado (GLM) y las diferencias entregrupos se estimaron mediante una prueba post-hoc de Bonferroni. Para comprobar ladensidad de los arrays, repetimos los análisis utilizando información de un conjunto dedatos de mediana densidad (MD). De los individuos analizados, se detectaron 36anomalías cromosómicas, incluyendo monosomías, quimerismos y reversiones de sexomasculino y femenino mediante el análisis de la intensidad de la señal cruda producidapor una plataforma de genotipado basada en un array de SNP. También demostramos queel procedimiento no se ve afectado por la densidad de SNP del array empleado. Nuestrosresultados mostraron que desarrollamos una técnica simple y robusta para detectaralgunas de las anomalías cromosómicas más importantes reportadas en caballos medianteel análisis de datos de intensidad cruda producidos por arrays de genotipados basados enSNP. Conjuntamente demostramos que la metodología podría llevarse a cabo utilizandochips de genotipado de alta y mediana densidad. Este estudio podría llevarse a cabo enun entorno bioinformático abierto, lo que permitiría su integración como herramienta decribado flexible en los laboratorios de diagnóstico y en los programas de cría genómica