Vigilancia epidemiológica basada en aguas residuales de variantes SARS-CoV-2, en la ciudad de Salta-Argentina

MARÍA NOEL MAIDANA KULESZA; HUGO RAMIRO POMA; DIEGO GASTÓN SANGUINO JORQUERA; MERCEDES CECILIA CRUZ; MÓNICA ALICIA APARICIO GONZÁLEZ; VERONICA BEATRIZ RAJAL

Córdoba

Congreso; Reunión científica anual SAV; 2022

Desde el comienzo de la pandemia hasta la actualidad han surgido mutaciones, deleciones yrecombinaciones en el genoma de la cepa inicial de SARS-CoV-2 Wuhan. Estas se han asociado acambios en la tasa de transmisibilidad y mortalidad, al aumento en la capacidad de causarreinfecciones y de infectar a personas inmunizadas y exhibieron susceptibilidad reducida aterapias con anticuerpos monoclonales. En ese marco, la vigilancia de aguas residuales seconsolidó como importante herramienta epidemiológica. En Salta nuestro grupo de investigacióndemostró la correlación entre la concentración de SARS-CoV-2 en las aguas residuales y el númerode casos de COVID-19 en la población, convirtiéndose en una potencial herramienta de alertatemprana para la salud pública. El objetivo del trabajo fue caracterizar la dinámica de las variantesde SARS-CoV-2 que emergieron a lo largo de la pandemia, a partir de muestras de aguas residualesde la ciudad de Salta. Se analizaron aguas residuales de 6 bocas de registro, entre febrero ydiciembre de 2021, que reciben en total las excretas del 80% de la población de la ciudad de Salta.Las muestras se analizaron en el LAgS. Primero se desactivaron a 60 °C por 90 minutos. Se realizóla concentración viral con polietilenglicol y centrifugación. El pellet obtenido se resuspendió enTRIzol™ y luego se realizó la extracción de ARN. Se realizó la RT-qPCR del gen N1 de SARS-CoV-2 ypara identificar las mutaciones puntuales que caracterizan a las variantes se utilizó el kit TaqMan™SAR.S-CoV-2 Mutation Panel. Durante los primeros meses de muestreo no se detectaron variantesde interés y preocupación. En el mes de marzo se observó un repentino aumento en la frecuenciade la variante Lambda (C.37) en coexistencia con las variantes Alfa (B.1.1.7) y Gamma (P.1). Lafrecuencia de detección de Alfa en todos los casos fue de menor magnitud en comparación con lafrecuencia y porcentaje de detección de Gamma y Lambda. Estas dos últimas variantes seextendieron a lo largo de casi todos los meses de muestreo, alternando picos máximos en losmeses de abril, mayo, junio, julio y agosto, disminuyendo su frecuencia en el mes de septiembre.Durante el mes de julio se pudo observar la aparición de la cepa Mu (B.1.621) que exhibió un picomáximo en septiembre, pero rápidamente fue desplazada por la aparición de la cepa Delta(B.1.167.2). Se observaron picos de Delta en septiembre y octubre y luego su frecuencia comenzóa descender en diciembre con la aparición de la cepa Ómicron (B.1.1.529). La epidemiologiabasada en aguas residuales resultó una buena herramienta para la vigilancia activa de las variantesde SARS-CoV-2 en la ciudad de Salta, brindando información de gran utilidad para los gestores desalud pública, para una correcta toma de decisiones.