Cristalización del agua y su influencia en la desnaturalización de TRPcage

C. GASTÓN FERRARA; DIDONE PEDRO; ATTARANTATO VALENTIN

La Plata

Taller; XIX TREFEMAC; 2022

TREFEMAC

En el presente trabajo mostramos la segunda parte del estudio de los cambios estructurales y dinámicos que se producen en una mini proteína como es la TRPcage a bajas temperaturas y como influye el agua del entorno sobre estos cambios. En particular analizamos y comparamos la cinética de desnaturalización de la proteína con respecto a la cinética de cristalización del agua cuando utilizamos una semilla de cristalización para el agua2. El sistema se estudió a partir de simulaciones por Dinámica Molecular (MD), utilizando el modelo de agua TIP4P2005 como solvente, el cual presenta mejores resultados para distintos parámetros que caracterizan la cristalización del agua y para la mini proteína TRPcage se utilizó el modelo 1L2Y, cuya estructura es obtenida a partir de estudios por NMR. En esta etapa inicial se analizó y caracterizó el comportamiento dinámico y estructural de la proteína y del agua en diferentes condiciones de temperatura a partir de diferentes variables, como son el radio de giro, superficie accesible al solvente (SASA), RSMD, RMSF en el caso de la mini proteína y la densidad, distribución de puentes hidrígeno, y coeficiente de difusión para el caso del agua. Todas las simulaciones se realizaron utilizando la técnica de dinámica molecular (MD), implementada con el paquete de GROMACS (GROningen MAchine for Chemical Simulations).