Análisis de Bloques de Homocigosidad en cabras lecheras españolas para estimar la endocría a nivel genómico.

TATIANA ZIEGLER; YAMILA PIROSANTO; ANTONIO MOLINA; SEBASTIÁN DEMYDA-PEYRÁS

Congreso; Congreso 2021 RedBio; 2021

El apareamiento entre individuos emparentados se conoce como endocría. Es un hecho conocido que la endocría produce efectos negativos en las poblaciones animales, es por esto cuantificar los niveles de endocría en las poblaciones productivas adquiere suma importancia. Utilizando marcadores como los SNP se puede detectar esta homocigosis en el genoma. En algunos individuos se pueden encontrar largos segmentos con marcadores en homocigosis. Estos segmentos, conforman los ROH, que se definen como: regiones consecutivas de homocigosidad presentes en los cromosomas. En el ganado caprino, con el advenimiento del chip 52K para cabras y la secuenciación de numerosos individuos, la búsqueda de ROH en el genoma ha permitido deducir más que las implicancias biológicas propias de los ROH, sino que también nos orienta a descifrar la historia y los procesos adaptativos y selectivos a los que fueron sometidos las poblaciones caprinas. Durante trabajos previos se han secuenciado 174 cabras españolas (87 hembras y 87 machos), con el chip 52k de mediana densidad. Para determinar el nivel de endocría en la población se analizó la secuencia del genoma de cada individuo con el paquete “DetectRUNS, en la plataforma R studio. Por último, se analizaron los resultados mediante t-Student, tomando distinción el número de SNP incluidos en el ROH de diferentes largos en ambos sexos.Primero se realizó una estadística descriptiva, en donde no se observan diferencias significativas en la presencia de ROH para ambos sexos. Por otro lado, se analizó el número de SNP por ROH para ambos sexos con un nivel de confianza de un 95%, pudiendo inferir que estadísticamente no existen diferencias significativas entre machos y hembras para los diferentes largos de ROH en las poblaciones estudiadas de cabras españolas. Sin embargo, podemos observar que en cromosoma 6 para ambos sexos existen diferencias en el porcentaje de SNP en ROH.