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El ñandú común (Rhea americana) y el choique (Rhea pennata) son dos especies de ratites que actualmente representan una alternativa agropecuaria, pero sus poblaciones silvestres se ven afectadas por el cambio en el uso de la tierra, situación agravada por la caza y el rancheo de huevos. La aplicación de técnicas moleculares ha permitido avanzar en dos aspectos que facilitan la toma de decisiones con relación a la cría y conservación de estas especies: la determinación de sexo y la evaluación de variabilidad genética. Se adaptó para el choique una técnica de determinación de sexo mediante marcadores moleculares usada previamente en ñandú común, la cual resultó relevante para la comercialización temprana de los animales y la planificación de programas de cría en cautiverio. Esta técnica se basa en la amplificación mediante PCR de secuencias específicas de los cromosomas Z y W. En machos se amplifica un único fragmento específico del cromosoma Z, mientras que en hembras, además de este fragmento, se amplifica un fragmento del cromosoma W, el cual es usado como diagnóstico. Por otra parte, se utilizaron marcadores ISSR para evaluar la variabilidad genética de poblaciones silvestres y de granjas de ñandú común del centro del país. Estos marcadores resultaron una herramienta útil ya que permitieron realizar un diagnóstico de la situación de esta especie; los análisis revelaron niveles bajos (23.33 %) de loci polimórficos y cierto grado de estructuración poblacional (FST=0.14343; P<<0.01). Las poblaciones de granja poseen niveles de variabilidad iguales a los de poblaciones silvestres y un estudio jerárquico de estructuración genética determinó que las mismas no son significativamente diferentes del conjunto de poblaciones silvestres analizadas (FCT=0.079, n.s.). Estos resultados demuestran el valor de las poblaciones en cautiverio como reservorio génico y fuente de individuos para enriquecer poblaciones silvestres.

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