CARACTERIZACION PRELIMINAR DE LA COMUNIDAD FUNGICA DE SUELOS SEMIARIDOS DE LA PROVINCIA DE LA RIOJA MEDIANTE EL USO DE PCR-DGGE

MORENO MV; PELIZZA SA; STENGLEIN SA

CABA

Congreso; XIII Congreso Argentino de Micología-XIII Jornadas Argentinas de Micología-1er. Reunión de la Asociación Micológica Carlos Spegazzini; 2014

Asociacón Argentina de Micología. Asociación Micológica carlos Spegazzini

Una de las metodologías más ampliamente utilizada para la identificación genética de diversos microorganismos involucra a la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) con cebadores diseñados para estos microorganismos (zonas conservadas en el ADN codificante del ARNr). Esta metodología se completa con una electrofóresis en gel con gradiente desnaturalizante (DGGE) y así poder definir patrones de diferentes fragmentos del ADN del mismo tamaño que tienen secuencias con diferente contenido de GC y para estimar la presencia de ciertos grupos o especies, dependiendo de la especificidad de los cebadores. Para caracterizar la comunidad fúngica de suelos de La Rioja, mediante perfiles moleculares, se tomaron muestras suelo, en doce sitios (diferentes por altitud), pertenecientes a la provincia biogeográfica del Monte, donde la precipitación anual es de 600 mm y la temperatura promedio de 19 a 21 º C, con máximos del verano alcanzando 42 a 46 º C. Sitio 1:Salinas de Bustos a 1096 mts; sitio 2: Zona árida de la Salina de Bustos a 1096 mts ; sitio 3 camino al Valle de La Luna a 1240 mts ; sitio 4: Salinas de Bustos a 1000 mts ; sitio 5 entre Patquia y Salinas de Bustos a 508 mts ; sitio 6: entre Patquia y Salinas de Bustos a  693 mts ; sitio 7: a 5 km del parador la torre 1073 mts; sitio 8 camino a Patquia viejo a 469 mts; sitio 9: Patquia viejo a 515 metros; sitio 10: camino a Patquia viejo a 502 mts; sitio 11: Patquia viejo con palmeras y riego artificial a 511 mts y el sitio 12: camino a Chilecito a 20 km del cruce a 543 mts. La extracción del ADN del suelo se realizó con el kit ?power soil? de MOBIO. Se efectuó una primera reacción con el par de cebadores EF4/ITS4 (≈ 1000pb) y a partir de 1 ųl de este producto, se llevó a cabo una reacción con el par de cebadores ITS1-GC/ITS2 (≈ 300pb), que amplifican a nivel de especie. Los productos de reacción se sembraron en geles de poliacrilamida (8%) con un gradiente 10-50% a 60 ºC con un voltaje de 70V durante 6 hs. La visualización de los productos se realizó mediante tinción con plata. Se obtuvo un patrón único de 39 bandas (especies). Los sitios 1 y 12, presentaron los mayores valores de riqueza de especies (18 y 19 respectivamente), observándose los menores valores en los sitios 3, 5 y 7 (8, 8 y 7 respectivamente), que si bien presentan diferentes altitudes todos coinciden en estar a la vera de caminos. Los sitios son las que presentan mayores diferencias, en lo que respecta a las caracteristicas del suelo. En los sitios 7, 8 y 9 se observaron bandas únicas, lo que está indicando la presencia de especies en esos ambientes, que no están presentes en los demás. A partir de dicho patrón se aplicó el coeficiente de Jaccard y ligamiento promedio. La mayor similitud se observó entre los sitios 2 y 9 a un 45% con un Coeficiente cofenético de correlación, CCC= 0.73, observándose que comparten 8 especies, a pesar de tener una diferencia altitudinal de 581 mts. Estos perfiles están indicando la diferente estructura de la comunidad fúngica a diferentes altitudes para este tipo de suelos.