Efecto de rotaciones de cultivos bajo siembra directa sobre la comunidad fúngica del suelo mediante el uso de PCR-DGGE

SILVESTRO L., BIGANZOLI F., STENGLEIN S.A., FORJÁN H., ARAMBARRI A. & MORENO M.V.

CABA

Congreso; XIII Congreso Argentino de Micología; 2014

En los sistemas agrícolas bajo siembra directa, la alternancia planificada de diferentes cultivos incluyendo pasturas y verdeos, potencia el funcionamiento de los agroecosistemas. En este contexto, es fundamental el reconocimiento de los integrantes de la comunidad fúngica del suelo como un aspecto crucial, que posibilitará validar el impacto de las mismas sobre estos organismos claves en no sólo en el ciclado de los nutrientes, sino también en la sanidad de los cultivos. Poco se conoce acerca de la estructura y la dinámica de las comunidades fúngicas en suelos agrícolas. A través de metodologías de cultivo in vitro se recupera una parte de los organismos que realmente existen en el suelo. Métodos moleculares como la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) combinada con la electrofóresis en geles de gradiente desnaturalizante (DGGE) han permitido obtener patrones que reflejan la comunidad fúngica no sólo de los organismos cultivables sino también de los no cultivables. Los perfiles obtenidos permiten comparar las comunidades entre diferentes hábitats y determinar el nivel de similitud en la estructura de la misma. El objetivo fue analizar el efecto de diferentes rotaciones de cultivo sobre la diversidad alfa de la comunidad fúngica del suelo bajo siembra directa, a lo largo de un año agrícola mediante el uso de PCR-DGGE. Se tomaron 45 muestras al azar desde un .ensayo de larga duración ubicado en la Estación Experimental del INTA Barrow. En dicho ensayo se incluyeron diferentes rotaciones de cultivos, I: Agrícola conservacionista, II: Mixto con pasturas sin verdeos, III: Agrícola de invierno para suelos limitados, IV: Mixto tradicional con verdeos y V: Agrícola intenso. Las muestras se fraccionaron a los 0-5, 5-10 y 10-20 cm. La extracción del ADN del suelo se realizó con el kit power soil de MOBIO ®. Se efectuó una primera reacción con el par de cebadores EF4/ITS4 (≈ 1000pb). A partir de 1 ųl de este producto se llevó a cabo una siguiente reacción con el par de cebadores ITS1-GC/ITS2 (≈ 300pb). Los productos de reacción se sembraron en geles de poliacrilamida (8%) con un gradiente 10-50% a 60 ºC con un voltaje de 70V durante 6 hs. La visualización de producto se realizó mediante tinción con plata. Se obtuvo un patrón común de 64 bandas. El dendograma construido a partir del coeficiente de Jaccard (UPGMA) mostró la presencia de 45 patrones diferentes con un 100% de similitud. Esto nos permitió evidenciar la amplia variabilidad de la comunidad fúngica del suelo respecto a la fecha de muestreo, tratamientos y profundidades evaluadas. Por otro lado, para cada muestra se estimó la riqueza de especies (S) y el índice de diversidad de Shannon y Weiner (H`) modificado para análisis de PCR-DGGE. Los valores de S oscilaron con valores mínimos en invierno (tratamientos I y II), en verano (tratamiento I) y en otoño (tratamiento V)  y con valores máximos en invierno (tratamientos III y IV) y verano (tratamientos IV). Además se observaron valores de H´ que muestran la menor equitatividad de las comunidades con valores mínimos de 2.61 en verano (tratamiento V), en otoño 2,39 (tratamiento IV) y en verano 1,73 (tratamiento II). La mayor equitatividad se observó en el tratamiento IV (H´=3,68) en verano y en invierno (H´=3,53) y en otoño en el tratamiento I (H´= 3,40).