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Escallonia alpina y E. rubra son dos especies de plantas de la familia Escalloniaceae que comparten el área de distribución en el sur de la Cordillera de los Andes. Ambas se distinguen por pocos caracteres diagnósticos y existen varias formas de transición. Los objetivos del trabajo son estudiar la variabilidad morfológica, explorar el grado de variación genética intra- e interespecífica y analizar la estructura genética poblacional mediante patrones de AFLP. Se estudió la morfología en 95 individuos de 15 poblaciones sobre los que también se realizó un análisis de marcadores AFLP. Se investigó la relación entre los individuos mediante análisis de ordenación y agrupamiento. Sobre la base de la morfología, se definieron cuatro grupos de individuos: dos coincidentes con la delimitación específica, un tercero con dos poblaciones de E. alpina con caracteres morfológicos particulares y un cuarto con características intermedias entre ambas especies. Se observó una fuerte correspondencia entre estos grupos y el análisis de AFLP. La evidencia morfológica y molecular permitió reconocer a Escallonia alpina y E. rubra como dos especies distintas y al grupo particular de E. alpina como un linaje independiente. Las poblaciones con caracteres morfológicos intermedios podrían representar híbridos interespecíficos o evidenciar una separación incompleta de linajes.

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