BECAS
FEMENIAS martin Miguel
congresos y reuniones científicas
Título:
¡Qué basura! Explorando elementos transponibles a partir de datos de RNA-seq con o sin genoma de referencia.
Autor/es:
FEMENIAS, MARTIN MIGUEL; SANTOS, JUAN CARLOS; AVILA, LUCIANO J.; SITES, JACK W.; MORANDO, MARIANA
Lugar:
Evento Virtual
Reunión:
Simposio; 6to Simposio Argentino de Jóvenes Investigadores en Bioinformática, ISCB - Regional Student Group Argentina; 2021
Institución organizadora:
International Society of Computational Biology - Regional Student Group Argentina
Resumen:
Loselementos transponibles (TEs) son ubicuos en los genomas eucariotas.Una fracción importante de los transcriptomas derivan de TEs quepermanecen activos con potencial efecto en el genoma huésped. Porejemplo, pueden generar mutaciones deletéreas o promover novedadesevolutivas como las modificaciones en redes regulatorias de genes,vías de señalización y/o acceso a la cromatina. Sin embargo, amenudo esta información pasa desapercibida en el análisis detranscriptomas debido a la dificultad para identificar y cuantificarTEs a partir de datos de RNA-seq. Particularmente en organismos nomodelo, donde no hay genoma de referencia, el análisis de TEs podríaser una tarea dificultosa o imposible, limitado nuestro conocimientoacerca del impacto funcional de los TEs en diversas especies.Desarrollamos un paquete de R (ExplorATE) que permite la ejecuciónde un nuevo pipeline para la identificación y cuantificación de TEsactivos a partir de datos de RNA-seq, tanto en organismos modelo comono modelo. Basándonos en datos simulados y reales, mostramos queExplorATE supera a otras herramientas disponibles para lacuantificación de TEs, en precisión y tiempo de ejecución, ya seacon o sin genoma de referencia. Nuestro pipeline excluye lasrepeticiones co-transcriptas con genes y permite establecer criteriosde selección específicos para la identificación de TEs activosp { margin-bottom: 0.1in; direction: ltr; line-height: 115%; text-align: left; orphans: 2; widows: 2; background: transparent }