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Con el devenir de los eventos de contaminación en el mundo y la necesidad de contar con un lenguaje que acercara a interpretar más acabadamente cuando un ecosistema se deteriora se propuso el término de salud de los ecosistemas acuáticos estableciendo un paralelismo entre las herramientas que se emplean para la evaluación y monitoreo de la salud humana y las que se emplean para el diagnostico de la calidad del agua. Así mientras para conocer como es el estado de salud de los humanos se recurre al análisis de sangre para conocer el contenido de glucosa, colesterol o conocer la variabilidad en la temperatura o la frecuencia respiratoria o cardíaca en los ecosistemas acuáticos extraemos muestras de agua para conocer la calidad del agua, analizamos la biota para conocer a través de las especies indicadoras como se encuentra el nivel de tolerancia, como responde el metabolismo, etc., conjuntamente con características del hábitat lo cual nos permite diagnosticar cual es el estado de salud de los ecosistemas acuáticos. Considerando este pool de observaciones surgen dos nuevos concepto que pretenden actualizar la percepción de como monitorear los ecosistemas acuáticos. Una hace referencia a la integridad biótica que habla de una comunidad integrada, equilibrada y adaptada que refleja las mejores condiciones de hábitat naturales para la región, es decir permite definir comunidades de referencia, permitiendo comparaciones con hábitat alterados. Pero aún existe un concepto más integrador que es el de la calidad ecológica en donde además de incluirse en la evaluación la calidad biológica y del agua se tiene en cuenta al hábitat como eje o centro que interactúa y condiciona la calidad ecológica, Ya que los factores ambientales lo pueden modificar y por lo tanto la flora y fauna se puede ver alterada. Durante la exposición de estos conceptos se ejemplificaran como distintas herramientas de biomonitoreo son capaces de manifestar no sólo el cambio sino también la intensidad frente a factores de estrés ambiental.

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