ANÁLISIS TRANSCRIPTÓMICO DE TRIGO DIPLOIDE CON DISTINTO HÁBITO DE CRECIMIENTO

VIVIANA ECHENIQUE; PANIEGO N; DÍAZ M; HELGUERA M; DUBCOVSKY J

Malargue, Mendoza

Congreso; 33º Congreso Argentino de Genética.; 2004

Sociedad Argentina de Genética

La complejidad y tamaño del genoma del trigo hexaploide (2n=6x=42, AABBDD,17300 Mb) condujo a abordar los estudios genómicos a través del transcriptoma. El objetivo de este trabajo, como parte de un consorcio involucrado en el secuenciado a gran escala de ESTs de las triticeas, fue caracterizar tres genotecas de ADNc de ápices caulinares en estado vegetativo y reproductivo y en distintos estadíos de vernalización de líneas primaverales e invernales de Triticum monococcum. Los ADNc fueron clonados direccionalmente en el vector Uni-ZAP XR. Para la excisión masal in vivo se utilizó la cepa XL1-Blue-MRF´ y el fago ExAssist para producir una población de fagémidos en pBluescript. Se calculó el título y grado de amplificación de las genotecas, la longitud promedio de las secuencias y la redundancia. Las secuencias fueron analizadas por similitud utilizando BLASTX y la base de datos SwissProt. La categorización funcional se basó en la nomenclatura y el esquema de clasificación de Gene Ontology. Se obtuvieron 9973 ESTs y se identificaron 6413 genes de los cuales el 46% pudo ser anotado por similitud con secuencias en SwPt, mientras que el 54% restante debe ser comparado contra bases de datos menos curadas para darle una anotación tentativa.  La calidad de colección de ESTs estimada a partir de la relación unigenes / clones y de la diversidad funcional mapeada segun GO fue muy buena habiéndose reconocido un número preliminar de 5597 unigenes, que cubren un amplio espectro de funcionalidad, la cual esta siendo evaluada para relacionar la expresión de transcriptos específicos con los estadíos ensayados.