Conferencia invitada - Computer simulation of chemical reactivity in proteins and in solution

D. A. ESTRIN

Barcelona

Congreso; II Reunión Nacional de Modelización Molecular y Quimioinformática; 2005

La simulación computacional de procesos reactivos requiere necesariamente del empleo de herramientas de Mecánica Cuántica. El desarrollo de algoritmos eficientes y computadoras rápidas ha permitido lograr éxitos considerables en las últimas décadas en las simulaciones de fenómenos que involucran especies aisladas. El estudio de procesos reactivos en proteínas es notablemente más difícil, debido a la complejidad y a las fluctuaciones del entorno proteico. Una estrategia adecuada para este tipo de problemas consiste en emplear métodos híbridos cuántico-clásicos (QM-MM), en los cuales la región reactiva del sistema se describe empleando esquemas cuánticos, mientras que el resto del mismo se modela mediante campos de fuerzas clásicos. En este trabajo mostraremos resultados obtenidos mediante un esquema QM-MM desarrollado en nuestro grupo para los siguientes sistemas: (i) conversión de corismato a prefenato catalizada por la enzima corismato mutasa de Bacillus Subtilus, (ii) detoxificación de óxido nítrico por la hemoglobina truncada N de Mycobacterium Tuberculosis, (iii) regulación de la afinidad por el oxígeno por la minihemoglobina del parásito Cerebratulus Lacteus.