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El descubrimiento de nuevos patógenos que afectan la salud de las ballenas francas es una de las prioridades para la conservación de la especie. El objetivo de este estudio fue determinar los agentes bacterianos presentes en individuos vivos de ballena franca austral de Península Valdés, mediante el análisis de muestras de piel normal, lesiones de piel y resoplidos. Se colectaron y analizaron 11 muestras de piel normal, 24 muestras de heridas provocadas por gaviotas cocineras (lesiones de piel) y 19 muestras de resoplidos. Las muestras de piel normal se obtuvieron mediante biopsias, mientras que las muestras de heridas de gaviotas se obtuvieron utilizando un hisopo estéril de elaboración propia. Las muestras de resoplidos fueron tomadas mediante una vara de longitud regulable en cuyo extremo se colocaron cajas de Petri estériles. Se tomaron muestras de agua de mar como controles de contaminación. Todas las muestras se sembraron en medios de cultivos enriquecidos por 24, 48 y 96 horas a 37°C. Las colonias obtenidas se aislaron en pureza para su identificación mediante pruebas bioquímicas. Se obtuvieron aislamientos en 4 muestras de piel normal, 14 muestras de heridas de gaviotas y 13 muestras de resoplidos. La mayoría de las bacterias aisladas pertenecieron al género Streptococcus sp, Staphylococcus sp, Micrococcus sp, Corynebacterium sp, y Bacillus sp. Se detectaron bacterias potencialmente patógenas para las ballenas en heridas y resoplidos, incluyendo Escherichia coli, Staphylococcus aureus y Erysipelothrix rhusiopathiae. Las muestras de agua resultaron negativas. Esta es la primera vez que se describen bacterias presentes en individuos vivos de ballena franca austral. Además de ser útil en el contexto de la problemática gaviota - ballena, la determinación y caracterización de las bacterias que circulan en la población de ballenas francas, puede ser útil para evaluar su estado sanitario y detectar agentes patógenos que puedan causar enfermedad.