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La red trófica microbiana compuesta por el picoplancton autótrofo, protistas y procariotas heterótrofos y el virioplancton constituye la base de las redes tróficas marinas, es un componente clave en la transferencia de carbono y la regeneración de micro y macronutrientes. El crecimiento de los procariotas heterótrofos es facilitado por el incremento de la producción primaria, típico de ecosistemas de estuarios y costas en primavera, y por los aportes orgánicos terrestres de origen antrópico y natural. En el caso de Bahía Ushuaia en el Canal Beagle, la descarga de nutrientes de origen terrestre, el confinamiento relativo de la bahía con respecto al canal, los tiempos altos de retención del agua, y el hecho de ser propensa al déficit de oxígeno en aguas profundas benefician la producción de procariotas heterótrofos. En el marco de un trabajo multidisciplinar se determinó mensualmente (octubre 2017 a enero 2018) la biomasa autótrofa en términos de clorofila a, la concentración de nutrientes inorgánicos y las abundancias microbianas (20m y fondo) en un contexto de datos hidrográficos obtenidos por una sonda CTD en cuatro estaciones: una al interior de la Bahía, dos en el valle que conecta la Bahía con el canal y una sobre el canal. La mortalidad procariota por lisis viríca se evaluó en aguas profundas (interior de la bahía y canal) en enero de 2018, a través de un ensayo de reducción de virus, en una situación post-bloom. En el periodo estudiado el interior de la Bahía Ushuaia contrasta con el Canal Beagle al presentar mayor concentración de clorofila, de procariotas y de virus. Los aportes terrestres de nutrientes y de materia orgánica y la lisis vírica como importante agente de mortalidad procarioata en aguas profundas (67% de la biomasa diaria) hace que el sistema sea más regenerativo y heterotrófico.