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En las últimas décadas, la producción de conocimiento científico y tecnológico se considera estratégica para los fines del desarrollo y un instrumento clave para redefinir las relaciones sociales en términos de crecimiento económico e inclusión social. En la Argentina, el sector científico y tecnológico alcanza actualmente un inusitado estímulo y una creciente expansión. En el plano universitario, los cambios repercuten -entre otras dimensiones- sobre los lineamientos y orientación de la investigación. En este escenario, el objetivo general del escrito procura analizar el surgimiento reciente de distintos instrumentos de orientación de la investigación con incidencia en el ámbito de las universidades nacionales y paralelamente, indagar y comparar las lógicas de orientación de la investigación en las instituciones seleccionadas a través de instrumentos propios de financiamiento. Una de las hipótesis que guía el trabajo afirma que, en un escenario de corrientes múltiples de políticas de fijación de áreas prioritarias en los últimos años, algunas universidades nacionales promueven la orientación de la investigación, a través de lógicas diversas y en un marco dinámico, situacional y pragmático. Palabras clave: investigación; universidad, políticas, áreas prioritarias; lógicas.