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l guanaco ha sido el principal recurso alimenticio explotado por las poblaciones humanas del sur de Mendoza durante todo el Holoceno (1). Según los antecedentes zooarqueológicos ca 2,000 años AP la población de guanaco habría sufrido una sensible disminución como producto de la sobre explotación antrópica (2-3). Dicha inferencia se basa en la observación realizada en los conjuntos zooarqueológicos, los cuales muestran una disminución en el consumo de guanaco a lo largo del Holoceno y un incremento en el consumo de animales pequeños (2). Sin embargo, esta idea ha sido puesta en duda, sugiriéndose que las tendencias descriptas presentan inconsistencias a nivel regional, vinculadas a las características ecológicas de cada área biogeográfica del sur de Mendoza (4-5). El objetivo de este trabajo es estimar cambios en el tamaño poblacional de Lama guanicoe (guanaco) en el sur de Mendoza durante el Holoceno mediante el uso de ADN antiguo. Por ello, y con el fin de reconstruir la historia demográfica del guanaco, se estudiaron 60 muestras arqueológicas, de huesos y dientes, provenientes de 19 sitios, y 19 muestras modernas. Las muestras arqueológicas cubren la totalidad de los ambientes de la región, incluyendo las provincias fitogeográficas de Patagonia, Monte y Altoandina. Del total de muestras analizadas se pudo obtener ADN de 50 de las muestras arqueológicas y se construyó una biblioteca con barcode en cada extremo de los fragmentos, doble index, específicos para cada muestra, con el fin de secuenciarlas a nivel poblacional por NGS (Next Generation Sequencing). Antes de secuenciar las mismas fueron enriquecidas con mtDNA usando MyBaits. Para la secuenciación se usó la plataforma de Illumina en un MiSeq, se realizó paired-end (PE) reads (100x75). Para el procesamiento de los datos crudos se usó SeqPrep, dos pipelines (con Bowtie2 o MIA & MA) para realizar el mapping con el genoma mitocondrial de referencia Lama guanicoe (NC_011822) y se eliminaron los fragmentos duplicados con Samtools. Se realizó el alineamiento con ClustalW y manualmente. Luego se seleccionaron sólo 1,217bp correspondiente a la región D-loop que fueron alineados con otras muestras antiguas y modernas provenientes de la misma región disponibles en el GenBank. La reconstrucción demográfica con inferencia Bayesiana se realizó con BEAST teniendo en cuenta la edad de los fósiles calibrados.Los resultados mostraron que todas las muestras analizadas pertenecen a la especie Lama guanicoe. En dichos análisis detectamos la disminución en el tamaño de la población desde 2500 a 250 años antes del presente, para luego mantenerse constante. En base a estos resultados, el escenario más probable sustenta el cambio en el tamaño poblacional del guanaco previamente inferido a partir de los estudios zooarqueológicos.