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El desencuentro entre peronismo y reformismo universitario hunde sus raíces en un triple orden de factores: el clivaje laicismo-clericalismo, el impacto de la segunda guerra mundial sobre los alineamientos políticos culturales -división entre aliadófilos y partidarios del Eje- y en tercer lugar, las políticas universitarias llevadas adelante primero por el régimen de junio de 1943 y luego por el presidente electo, coronel Juan Domingo Perón. El análisis propuesto en este artículo, pone en diálogo la realidad provincial centrada en el lugar cuna de la Reforma Universitaria, la Universidad Nacional de Córdoba con las políticas nacionales. Presta especial atención a las iniciativas emanadas del Poder Ejecutivo Nacional, los actores encargados de implementarlas y las resistencias generadas en el ámbito estudiantil y docente. Ofrece, asimismo, una interpretación que correlaciona el peso del antiguo anti-reformismo de matriz clerical con la construcción de una nueva hegemonía de matriz estatalista en las universidades argentinas. Se pone de relieve, asimismo, que entre 1946-1955, la idea de incluir a las universidades en una comunidad organizada, así como el ejercicio de una represión política sistemática, generó fuertes conflictos cuya virulencia fue potenciada en el marco de una dinámica política no cooperativa entre oficialismo y oposición.