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Introducción: Las sierras de Córdoba y San Luis albergan una gran riqueza de taxones endémicos, y una fracción considerable de ellos muestran un rango geográfico disyunto entre ambas serranías. Hasta la fecha no hay estudios que permitan inferir procesos históricos asociados a este patrón biogeográfico. S. linearifolia en una de las especies endémicas que actualmente representa este patrón de distribución. Materiales y Métodos: A partir de poblaciones localizadas en las Sierras Chicas y Cumbres de Gaspar en Córdoba y SE de las Sierras de San Luis, comparamos su rango actual con distribuciones potenciales modeladas para escenarios hipotéticos del pasado y futuro. También, analizamos la variabilidad y la estructura filogeográfica de tres marcadores genéticos (dos regiones de cloroplasto y una nuclear) y reconstruimos las relaciones genealógicas entre los haplotipos hallados. Por último, una aproximación bayesiana fue usada para estimar las posibles áreas ancestrales de las poblaciones actuales y para datar los eventos de divergencia entre los clados identificados. Resultados y Discusión: Durante el LGM se observan áreas favorables para la especie en pisos altitudinales bajos, mostrando una continuidad entre las Sierras de Córdoba y San Luis. Sin embargo, hacia el presente las zonas favorables parecieran restringirse a los pisos altitudinales mayores a los 900 msnm, mostrando una distribución de las áreas favorables disyunta entre ambas sierras. Las áreas actualmente ocupadas coinciden con las áreas de máxima probabilidad de ocurrencia bajo ambos escenarios modelados. Existe un bajo nivel de diferenciación genética entre los haplotipos, donde todos ellos tienen una distribución restringida, encontrándose filogrupos con distribución alopátrica en Sierras Chicas, Cumbres de Gaspar y San Luis. Losclados de las sierras de Córdoba forman un grupo parafilético, sugiriendo dos eventos de colonización independientes. La diferenciación de los linajes actuales habría ocurrido durante el Pleistoceno hace 1,9 Ma a partir de un área ancestral en las sierras de San Luis, pudiendo estar asociado a las últimas manifestaciones de la Orogenia Andina en las sierras Pampeanas. La diversificación dentro de cada filogrupo parece haber ocurrido durante los últimos 0,6 Ma.Conclusiones: Sophora linearifolia aparece como un endemismo de reciente aparición en las sierras centrales de Argentina, en donde los eventos tectónicos ocurridos hacen unos 2 Ma., habrían favorecido su especiación. Durante el LGM, y quizás también durante otros periodos glaciarios como la GGP, habría ocurrido la dispersión desde las Sierras de San Luis hacia las Sierras de Córdoba ya que en los ciclos fríos los pisos altitudinales más bajos habrían sido favorables para la especie, como lo sugieren los modelados de distribución espacial obtenidos.