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Este artículo constituye una reflexión sobre temas que permitan dar cumplimiento a los objetivos del desarrollo del milenio. En este sentido, se orientan estas reflexiones trascendiendo lo descriptivo y se articula el análisis observando la investigación de las condiciones de salud en una era de tragedia social como principal objeto y que a la vez nos empuje, desde los nuevos horizontes de la epistemología, a mirar también las paradojas y empobrecimientos que pesan sobre el sujeto del conocimiento. Se exponen las claves para conformar un paradigma emancipador de las ciencias de la salud, para la construcción de capacidades en salud pública.