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Para conocer cuáles son las características ambientales que determinan la estructura de las comunidades acuáticas, es necesario tener conocimientos referidos a la forma del cuerpo de agua y sus dimensiones, ya que la morfometría interviene sobre las variables relacionadas con la carga de nutrientes, sedimentación , características físico-químicas, etc. La renovación del agua en las lagunas del valle de inundación del río Paraná, se encuentran íntimamente ligadas a los pulsos de inundación así como también al tiempo de permanencia del agua en la laguna. Diferentes niveles topográficos del valle aluvial, pueden generar distintas respuestas por parte de la fauna que habita en las lagunas, en respuesta a los cambios limnológicos que se producen en ellas, aunque estas se encuentren próximas entre sí. En este sentido el objetivo del trabajo es aplicar modelos de anegamiento en lagunas del valle de inundación del río Paraná y establecer las diferencias topográficas entre las lagunas Galloso y Melilla y ver como varia la riqueza y la diversidad especifica en ellas.Para el análisis geográfico se utilizó la herramienta Increase level wáter del software Global Mapper 15.1, teniendo como base un modelo de elevación digital generado a partir de una imagen SRTM de 30 m. Los datos biológicos fueron recabados mediante la técnica de pesca eléctrica en ambas lagunas durante un período de dos años, los peces capturados fueron clasificados, pesados y contabilizados. El análisis de los datos se realizó mediante el paquete VEGAN del software estadístico R, se calculó el índice de diversidad verdadera y se graficaron las curvas de rango abundancia con el paquete VEGETARIAN.Los resultados demostraron que la laguna Galloso se encuentra 2 m por debajo de la laguna Melilla, quedando más expuesta a los pulsos de inundación del río Paraná mientras que la riqueza especifica fue de 91 y de 72 especies respectivamente, el índice de diversidad verdadera arrojo un valor de 11.17 para la laguna Galloso menor que en la laguna Melilla que arrojo un valor de 14.94. La situación se revierte si no se considera la especie más abundante (Odontostilbe pequira), lo que demuestra el peso de la gran dominancia de la misma a la hora de los análisis.Estos resultados indican que la diferencia topografía y mayor conectividad con el río Paraná podría ser uno de los posibles factores determinantes de la estructuración de los ensambles de peces en lagunas del valle de inundación del río Paraná.