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La cordillera de los Andes es uno de los principales generadores de diversificación del Neotrópico, además otros cordones montañosos de la región constituyen zonas de endemismos. Sin embargo, muy poco se sabe sobre el posible rol diversificador de los ambientes de altura del cono sur de Sudamérica. En este contexto se evaluó por primera vez el grado de endemismo de la avifauna de las Sierras Centrales de Córdoba utilizando marcadores moleculares y se analizó el posible efecto que ha tenido su aislamiento geográfico con respecto a la cordillera de los Andes. Para ello se analizaron 7 de las 11 especies con subespecies endémicas en la zona combinando muestras de tejido fresco y de almohadillas plantares y secuenciando 2 genes mitocondriales (citocromo c oxidasa I y citocromo b). Tanto los análisis de divergencia genética comolas redes de haplotipos mostraron que en 3 de estas especies (Cinclodes atacamensis, Catamenia inornata y Phrygilus unicolor) las poblaciones de las Sierras Centrales de Córdoba se diferencian de aquellas poblaciones de otras regiones de Argentina. En otras 3 especies (Muscisaxicola rufivertex Asthenes modesta y Phrygilus plebejus) se encontró un cierto grado de diferenciación entre poblaciones pero los resultados no fueron concluyentes. Por último, no se encontró diferenciación en Sturnella loyca, la única de las especies analizadas que habita tanto zonas bajas como altas y tiene una distribución continua entre las Sierras Centrales de Córdoba y los Andes. Si bien se necesita realizar un análisis más profundo que incluya más marcadores moleculares y caracteres morfológicos y/o comportamentales, los resultados sugieren que varias de las especies con subespecies endémicas de la zona aisladas geográficamente de las poblaciones andinas presentan linajes con diferencias genéticas que sugieren un aislamiento evolutivo del resto de las poblaciones de su especie.