Análisis de secuencias microsatélites en el genoma de pepino (Cucumis sativus L.).

CAVAGNARO, P. F.; SENALIK, D.; HARKINS, T.; HUANG, S.; SIMON, P. W.; WENG, Y.

Jornada; XXII Jornadas de Investigación y IV Jornadas de Posgrado de la Universidad Nacional de Cuyo.; 2010

El pepino es una hortaliza de distribución e importancia económica mundial. Recientemente, se han secuenciado los genomas de dos tipos comerciales de pepino; el cultivar chino “9930”, utilizado para consumo en fresco, y “Gy14”, un pepino de conserva/encurtido (pickle) de USA, proveyendo ambas secuencias un valioso recurso para estudios genéticos y evolutivos, y para el desarrollo de marcadores moleculares (e.g., microsatélites) que permitan asistir los programas de mejoramiento de pepino. En este trabajo se utilizaron herramientas bioinformáticas para detectar, analizar y caracterizar secuencias microsatélites en 203 Mbp de ADN genómico (representando 55% del genoma nuclear) de Gy14. Con fines comparativos se realizaron análisis similares en secuencias codificantes ESTs de pepino, y en secuencias genómicas y ESTs de 7 especies vegetales. En total, se detectaron 112.073 microsatélites en las secuencias genómicas de pepino, representando 0,9% del genoma, con una densidad de 551,9 microsatelites/Mbp. Los tetranucleótidos fueron los microsatelites mas abundantes, y los dinucleótidos los mas largos. Las regiones codificantes (ESTs) tuvieron menos microsatélites, pero mayor frecuencia de trinucleótidos, que el ADN genómico. Este patrón de distribución se observó en todas las especies investigadas. Se diseñaron cebadores para ~80.000 loci microsatelites de pepino.