Efecto del filtrado de secuencias en elensamblado del genoma deBacillus altitudinisaislado deIlex paraguariensis

CORTESE, IJ; CASTRILLO, ML; ZAPATA, PD; LACZESKI, ME

Acta Biológica Colombiana

Lizeth Alonso Moreno

Año: 2021 vol. 26 p. 170 - 177

Sin importar el tipo de tecnología aplicada para la secuenciación de un genoma, el filtrado de secuencias es un paso esencial,en el cualaquellas lecturas de baja calidad o parte de estas son eliminadas. En un ensamblado la construcción de un genoma se realiza a partir de la unión de lecturas cortas en cóntigos. Algunos ensambladores miden la relación que existe entre secuencias de una longitud fija (k-mer) que puede verse afectada por la presencia de secuencias de baja calidad.Un enfoque común para evaluar los ensamblados se basa en el análisis del número de cóntigos, la longitud del cóntigo más largo y el valor de N50,definido como la longitud del cóntigo que representa el 50% de la longitud del conjunto. En este contexto, el presente estudio tuvo como objetivo evaluar el efecto del uso de lecturas crudas y filtradas en los valores de los parámetros de calidad obtenidos en el ensamblado del genoma de la cepa de Bacillus altitudinis19RS3 aislada deIlex paraguariensis. Serealizó el análisis de calidad de ambos archivos de partida con elsoftwareFastqC y se filtraron las lecturas con elsoftwareTrimmomatic.Para el ensamblado se utilizó elsoftwareSPAdes y para su evaluaciónla herramientaQUAST. El mejor ensamblado paraB. altitudinis19RS3 se obtuvo a partir de laslecturasfiltradas con el valor dek-mer79, que generó 16cóntigosmayores a 500 pb con un N50 de 931914 pb y el cóntigomás largo de 966271 pb.