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Los hombres Nativos Americanos son portadores de un linaje del cromosoma Y caracterizado por un polimorfismo de base única (M3). Todas las poblaciones desde Alaska al Estrecho de Magallanes tienen este linaje como predominante, en frecuencias mayores al 60%. Inicialmente se consideró como el único linaje fundador. Los datos recopilados refuerzan la idea de que el polimorfismo ocurrió en América o en Siberia poco antes de ingresar al continente americano y se considera un linaje autóctono. Pertenece al haplogrupo Q, muestra el estado derivado para los polimorfismos M242, M346 y M3, y se denomina sub-haplogrupo Q1a3a. Aunque mayoritario, no es el único linaje proveniente de la colonización precolombina de América. Dentro del haplogrupo Q, los cromosomas Y que presentan el estado derivado para M242 y M346, son cromosomas ancestrales para Q1a3a y se los denomina Q*. A diferencia de Q1a3a, todavía pueden encontrase en Eurasia y se definen como linajes fundadores. Su frecuencia es variable, siendo más elevada en Norteamérica que en Sudamérica. A pesar de su baja frecuencia no fue posible demostrar la ocurrencia de un cuello de botella, siendo muy probable que la deriva sea la causa fundamental de su restricción numérica. El inicio de la diferenciación de los linajes Q1a3a y Q*, fue calculada mediante el método de máxima parsimonia en 11.000 y 14.000 años AP, respectivamente.

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