INVESTIGADORES
BICH Gustavo Angel
congresos y reuniones científicas
Título:
COMPARACIÓN DE ENSAMBLADOS POR HOMOLOGÍA DEL GENOMA DE TRICHODERMA KONINGIOPSIS POS7
Autor/es:
AMERIO, NS; CASTRILLO, ML; BICH G. A.; ZAPATA PD; VILLALBA LL
Lugar:
Formosa
Reunión:
Jornada; XX Jornadas de Ciencia y Tecnología de Formosa.; 2017
Resumen:
INTRODUCCION:El método de secuenciación se basa en fragmentar todo el genoma al azar y secuenciar cada fragmento independientemente. Al proceso de descifrar la secuencia genómica a partir de estos pequeños fragmentos de ADN, se le denomina ensamblaje de genomas (Metwally et al., 2013). Las estrategias para dicho ensamblaje se pueden dividir en dos categorías: ensamblaje de novo y ensamblaje por homología. El ensamblaje de novo utiliza sólo la información obtenida de la secuenciación para reconstruir el genoma en cuestión, sin conocimiento a priori de la organización del mismo. El ensamblaje por homología se basa en la comparación de genomas completos de diferentes organismos, lo cual brinda una amplia gama de información, incluyendo la correlación del número, contenido y localización de genes. Revela además el grado de conservación entre los genomas, incluyendo mecanismos de evolución y la transferencia de genes entre ellos (Wajid y Serpedin, 2012).Por tanto la interpretación de la información generada desde el enorme volumen de datos crudos originados por el secuenciador, hasta los miles de genes identificados en paralelo asociados a diversas funciones, constituye un gran reto desde el punto de vista computacional (Metzker, 2010). Como objetivo principal del presente trabajo se propuso ensamblar por homología con diversos genomas de referencia el genoma de Trichoderma koningiopsis cepa POS7.METODOLOGÍA: Se descargaron de la base de datos del National Center for Biotechnology Information (NCBI) 12 genomas de referencia pertenecientes al género Trichoderma: T. koningii, T. reesei, T. virens, T. atroviride, T. longibrachiatum, T. hamatum, T. parareesei, T. asperellum, T. guizhouense, T. pleuroti, T. gamsii y T. harzianum. Los reads generados de la secuenciación del genoma de T. koningiopsis cepa POS7 mediante la tecnología Illumina se mapearon con estos 12 genomas de referencia, usando el software CLC Genomics Workbench versión 10.1.1.RESULTADOS:A partir del ensamblado por homología de los 7.773.936 reads del genoma de T. koningiopsis cepa POS7 con los 12 genomas de referencia se logró observar que las especies T. gamsii, T. atroviride, T. hamatum y T. asperellum presentaron mayor porcentaje de reads mapeados versus los no mapeados, indicando una mayor similitud genómica y cercanía filogenética. El ensamblado por homología utilizando como referencia el genoma de T. longibrachiatum presentó el menor porcentaje de reads mapeados, seguido de T. reseei, mostrando de esta manera una mayor divergencia de estas especies con el genoma de T. koningiopsis.DISCUSION: Kumar et al., (2004) y Kumar y Shukla (2005) hicieron referencia a que el análisis y la comparación de los genomas de diversas especies del mismo género es un paso interesante para la construcción de árboles filogenéticos y para inferir los patrones evolutivos de los genomas y la evolución de las especies. En el presente trabajo se pudo inferir que el genoma de T. koningiopsis POS7 presenta mayor similitud genómica y cercanía filogenética con especies de la sección Trichoderma (T. gamsii, T. atroviride, T. hamatum y T. asperellum), y mayor divergencia con las especies de la sección Longibrachiatum (T. longibrachiatum y T. reesei), lo cual se encuentra en concordancia con la actual clasificación taxonómica del género (Sharma y Salwal, 2017). Estos resultados obtenidos demuestran además la importancia de seleccionar genomas altamente emparentados para obtener resultados de ensamblados por homología con mayor robustez. CONCLUSION:La estrategia de ensamblado por homología permitió indagar y profundizar el conocimiento acerca de la similitud genómica y cercanía filogenética que poseen las diferentes especies de Trichoderma con el genoma de T. koningiopsis. Aun no hay publicado su Libro de Resúmenes pero dijeron que en breve lo publicarían.